В основе первой – полное отсутствие у микроорганизма мишени действия антибактериального средства или же ее недоступность вследствие инактивации ферментами или низкой проницаемости.

В этом случае в инструкции к лекарственному препарату написано, что антибиотик не действует на этот вид микробов.
Второй тип резистентности возникает в нескольких ситуациях: при контакте с антибиотиками, из-за мутаций хромосомной ДНК, что модифицирует белковую структуру бактерий, при трансформации с образованием мозаичных генов, при горизонтальном переносе генов.
Приобретенная антибиотикорезистентность проявляет себя следующими механизмами защиты от действия антибиотиков:
блокировка антибактериального средства микробной клеткой;
уничтожение антибиотика ферментами, разрушающими структуру действующего вещества;
избавления от попавшего в клетку вещества с помощью специальных «насосов» в стенках;
нивелирование эффекта средств с противомикробным действием, то есть микроорганизмы «разрабатывают» пути обхода основного их действия, например, блокировку выработки полезных веществ; маскировка. Этот механизм защиты микробы используют для невозможности антибиотиков распознать определенные их части (мишени), тем самым не позволяя препаратам полноценно на них действовать.