До настоящего времени нет единого мнения и о происхождении рода князей Мачабели. Согласно традиции, Мачабели происходят от абхазской феодальной фамилии Анчабадзе (Ачба). Однако по сведениям крупного грузинского историка XVIII века царевича Вахушти, Мачабели — фамилия новая. Позже, уже при российской власти, князья Мачабели, претендуя на Лиахвское ущелье, обосновывали эти претензии тем, что их предки были родом оттуда. Версия абхазского происхождения Мачабели долгое время доминировала в грузинской науке, но в 1976 году появилась версия, что Мачабели — ответвление рода Тавхелисдзе. Авторы основывались на толковании надписи на колокольне Тирского Богородичного мужского монастыря: «Тавхелисдзе Сиуша и Рати, и Асата, и Хелу, и Мачабели и родителей их, да благословит Бог!». Род Мачабели впервые упоминается в связи с борьбой против вторгшегося в Закавказье Тамерлана (начало XV века). Однако единственный источник, сообщающий об этом (так называемый Мачабелевский список «Картлис Цховреба»), датируется 1736 годом. В других исторических хрониках представители рода Мачабели стали упоминаться только с XVII века. Вероятно к рубежу XVI—XVII веков относится появление Мачабели в селении Ачабети и становление их феодального владения в среднем течении реки Большая Лиахви. Века спустя это дало повод президенту Грузии Звиаду Гамсахурдия ввести для территории бывшей Юго-Осетинской автономной области название Самачабло. Позже князья Мачабели владели в других районах Восточной Грузии значительными земельными наделами и крепостными (в частности, им принадлежало село Диди Лило современный Гардабанский муниципалитет, с проживавшими там Джугашвили).