«Поезд идёт» или «едет» — как должен сказать грамотный человек?

С поездом, как и с другими видами транспорта, связан ещё один интересный вопрос. Как правильно: ехать в поезде, на поезде или поездом? Если отталкиваться от «Большого толкового словаря русского языка» С. А. Кузнецова, имеют место оба варианта: «ехать на поезде» и «ехать в поезде».