С 1920 года работал в киевских театрах актёром и режиссёром. В 1919 году вместе с Григорием Козинцевым и Сергеем Юткевичем организовал в Киеве экспериментальный театр "Арлекин", где был актёром и режиссёром. С 1923 года — помощник завклуба работников искусств АБИС (Одесса). С 1926 года входил в состав ФЭКС. Работал режиссёром и сценаристом на Киевской кинофабрике. С 1939 года преподавал во ВГИКе. Во время Великой Отечественной войны — военный корреспондент на разных фронтах, в том числе на Сталинградском. В 1943 году был необоснованно репрессирован. 25 ноября он был приговорен по обвинению в антисоветской агитации к пяти годам лагерей и отправлен в Воркуту. Освободившись из заключения, 31 марта 1948 года вернулся в Москву, а 4 апреля снова был арестован. 23 июня приговорен к пяти годам лагерей и отправлен в Инту. На свободу он вышел только 11 июля 1953 года. Реабилитирован в 1954 году. Несколько лет вёл "Кинопанораму", главную передачу о кино на советском ТВ; в 1985 году был снят фильм "Сошедшие с небес" по его повести "Двое из двадцати миллионов". Ещё в Воркуте у него завязались отношения с актрисой Валентиной Токарской (1906—1996). Они расписались сразу по его возвращении в Москву. Его друг Михаил Ромм, получавший гонорары за их совместные фильмы, после освобождения Каплера передал ему весьма крупную по тем временам сумму в 150 тысяч рублей, что позволило ему начать обеспеченную жизнь. В 1954 году он познакомился с поэтессой Юлией Друниной (1924—1991), поступившей на Высшие курсы сценаристов при Союзе кинематографистов, где он преподавал. Будучи оба связаны на тот момент брачными узами, они всё же поженились в 1960 году. «А ведь я, правда, никогда не думал, что могу так мучительно, до дна, любить. Жил дурак дураком», — приводят его слова.  Вёл сценарную мастерскую во ВГИКе. На Первом учредительном съезде Союза кинематографистов СССР был избран секретарем его правления.  В 1966 году режиссёр Центрального телевидения Ксения Маринина через Юлию Друнину пригласила Каплера на роль телеведущего в передачу «Кинопанорама», которую он вёл до 1972 года, когда передача выходила в прямом эфире. Как-то раз во время передачи собеседница назвала Каплера не Алексеем, а Александром Яковлевичем, потом замолчала, смутившись. Каплер тут же пришел ей на помощь, сказав: «Ничего, зовите меня просто Васей!»  В 1967 году А. Я. Каплер был избран вице-президентом Международной Гильдии сценаристов (Лондон).  Скончался 11 сентября 1979 года после тяжёлой и продолжительной болезни (от рака). Согласно завещанию похоронен на Старокрымском кладбище. Рядом с ним в 1991 году похоронена и Юлия Друнина, покончившая жизнь самоубийством.