Агафья Лыкова родилась в семье староверов часовенного согласия — Лыковых, бежавших[когда?] в труднодоступные места сибирской тайги от гонений на веру[источник не указан 36 дней]. Отец — Карп Осипович Лыков, мать — Акулина Карповна. С конца 1930-х годов семья Лыковых жила в полной изоляции от цивилизации. После 1946 года постоянным местом жительства Лыковых стал берег притока Абакана реки Еринат.
Помимо отца и матери, Агафья Лыкова имела сестру и братьев: Савин (род. ок. 1926), Наталия (род. ок. 1936), Димитрий (род. ок. 1940). В семье отшельников-староверов Агафья являлась наиболее грамотной. Ей поручалось проведение домашней церковной службы.
Мать Агафьи, Акулина Карповна, скончалась в 19