Будущий подвижник, в миру Иван Алексеевич Дмитриев, родился в 1875 г. в деревне Заводские Хутора Тульской губернии в семье крестьянина. У его родителей было пятеро детей. 3 года Иван зимой ходил на дом к учителю и обучался грамоте, а летом пас скотину.

В 12 лет он пошел вместе с деревенскими портными по деревням в качестве ученика и 3 года обучался портняжному ремеслу. Когда Ивану исполнилось 17 лет, он отправился в Москву и устроился в портняжную мастерскую. Проработав 3 года, он на 2 недели приехал в родную деревню повидать отца с матерью, а затем вернулся в Москву. Вскоре умерла мать, и он взял к себе на содержание всю семью – отца и братьев с сестрами. Иван рос с детства благочестивым, а в юности почти ежедневно посещал церковь и читал много духовных книг. 2 года он жил с мыслью уйти в монастырь и в конце концов остановился в своем выборе на ските Оптиной пустыни. В 1903 г. Иван Дмитриев приехал в Оптину. 2 недели он прожил в ней и беседовал с настоятелем, который, увидев высокий духовный настрой благочестивого юноши, принял его в обитель послушником. Поначалу Иван нес послушание портного в скиту. Здесь 27 ноября 1911 г. преподобный Варсонофий, старец Оптинский, постриг его в монашество с именем Иоанникий, а в 1914 г. инок был рукоположен в сан иеродиакона.

С 1917 г. он был экономом в архиерейском доме у епископа Калужского Феофана (Тулякова). В 1918 г. иеродиакон Иоанникий был мобилизован в тыловое ополчение и прослужил здесь 2 года. В 1921 г. епископ Феофан рукоположил его в сан иеромонаха и направил служить в село Сухиничи неподалеку от Калуги. В 1927г. епископ Феофан был переведен на другую кафедру. Назначенный вместо него епископ Стефан (Виноградов) возвел в 1928 г. иеромонаха Иоанникия в сан игумена и определил его настоятелем Георгиевского монастыря в городе Мещовске. Направляя отца Иоанникия в обитель, Владыка благословил его помогать всем престарелым монахам и монахиням, жившим тогда при монастыре. В 1929 г. монастырь закрыли, а на его месте была организована коммуна «Искра». Отец Иоанникий после закрытия монастыря был назначен настоятелем мещовского собора. Иноки закрытой обители образовали вокруг собора некое подобие монастырской общины с уставными службами в соборе. Они жили по частным квартирам, но все строго выполняли устав. Отец Иоанникий, исполняя благословение епископа, помогал монашествующей братии, и особенно тем, кто по старости или болезни не мог себя содержать.

Наличие вокруг собора некоторого числа монашествующих обратило на себя внимание властей. Священнослужителей и монахов богоборцы считали своими первыми врагами. В октябре 1932 г. власти арестовали в Мещовске 19 человек, из них 11 монахов и монахинь. Игумен Иоанникий был арестован 31 октября и заключен в тюрьму г.Брянска. 16 ноября он был вызван на допрос и на вопросы следователя ответил: «По существу предъявленного мне обвинения в создании контрреволюционной группировки из монашествующих и бывших торговцев и проведении агитации против мероприятий советской власти виновным себя не признаю... Службы проходили в церкви ежедневно. Это я делал из-за заботы об истинной христианской православной вере, как и должен был делать каждый священник. Никакого подпольного монастыря при мещовском соборе у нас не было. Все монашествующие признавали меня за своего духовника, но за старшего не считали».

15 марта 1933 г. тройка ОГПУ приговорила игумена Иоанникия к ссылке в северный край на 5 лет. По возвращении он был возведен в сан архимандрита и направлен служить в Николо-Козинский храм в г.Калуге. Осенью 1937г. власти снова арестовали архимандрита Иоанникия вместе с поминаемым сегодня архиепископом Августином (Беляевым) и группой духовенства Калуги. 28 октября состоялся допрос священника. «Вы арестованы за активную контрреволюционную деятельность. Следствие предлагает вам по этому вопросу дать откровенные показания», – потребовал следователь. «Я среди духовенства и верующих неоднократно высказывал недовольство советской властью, обвиняя ее в том, что в результате ее политики по всему Советскому Союзу по требованию советской общественности закрылись церкви, кроме этого я говорил о том, что советская власть несправедливо проводит репрессии в отношении бывших людей... и духовенства», – высказал отец Иоанникий свое мнение, но отказался признавать себя виновным в контрреволюционной деятельности и оговаривать других.

19 ноября 1937 г. тройка НКВД приговорила архимандрита Иоанникия (Дмитриева) к расстрелу. Он был расстрелян 23 ноября и погребен в общей безвестной могиле.