Город Шеки расположен в 380 км западнее Баку, вблизи грузинской границы.

Шеки расположился в живописном горном районе, изрезанном узкими ущельями и зелеными долинами, со множеством родников, чистейших рек, водопадов и минеральных источников, в обрамлении густых лесов и альпийские лугов. Рядом с Шеки, в одном из самых красивых и живописных мест страны, находится оздоровительный курорт Мархал.