Императорские пингвины во многом схожи с королевскими, но немного крупнее.

Самцы и самки не обладают половым диморфизмом, и оба достигают в высоту до 122 см и весят 22-45 кг. Их спина покрыта чёрным оперением, а живот резко граничащим белым оперением, с бледно-жёлтой грудью, и жёлтыми ушами. Птенцы, как правило покрыты белым пухом, с чёрной головой.
Как и все виды пингвинов, императорский пингвин водоплавающая птица, с обтекаемым телом, которое с лёгкостью прорезает водное пространство, и крылья, преобразованные под жёсткие ласты. Они имеют длинный крючковатый клюв, длинною в 8 см, предназначенный для захвата морской живности, которой они питаются. Верхняя часть клюва может быть чёрного цвета, а нижняя светло-розового.