Можжевельник используется как в народной медицине, так и в современной (официальной) медицине.

Сфера его применения довольно разнообразна. Обладая хорошими мочегонными и желчевыводящими свойствами, растение применяется при ревматизме, подагре, цистите, заболеваниях почек, болезнях печени. Кроме того, препараты из можжевельника способствуют очищению крови, а также очищению организма от шлаков.
В плодах растения, которые применяют в лечении чаще всего, содержатся такие вещества, как: эфирное масло, сахар, смола, органические кислоты, витамины. Настой плодов благотворно действует на многие функции и области организма. Он возбуждает аппетит, нормализует нарушенное пищеварение, является дезинфицирующим средством для внутренних органов.
Также имеет ряд других свойств: повышает эластичность сосудов, понижает артериальное давление, снижает боли при менструациях, его применяют при ожирении и целлюлите, при воспалении кожных покровов (угрях, экземе, чесотке, дерматите, грибковых заболеваниях), способствует быстрой регенерации кожного покрова (при ожогах, ссадинах, ранах). Применяют при геморрое, при расширении вен, трескающейся кожи, воспалении дёсен, подагре. Может применяться в качестве расслабляющего средства, при переутомлении или в качестве снотворного. Является хорошим средством для ухода за нормальной и жирной кожей, так как очищает поры и обладает осушающими свойствами. Может применяться при облысении, при перхоти и проблемах с волосяным покровом
Можжевельник издревле применялся как в медицинских целях, так и в магических. Можжевельник относится к хвойным растениям, которые считаются не совсем обычными по своим свойствам. Так, можжевельник, как и ветки ели, использовались в погребальных ритуалах, а также для защиты от злых духов. Для этих целей его сжигали в кострах, на открытом огне, либо развешивали веточки внутри дома (на стенах, под кроватью, на видимых местах) и снаружи. Кроме того, считается, что можжевельник по своим магическим способностям может защищать людей и скот от духов болезней, от порчи, сглаза, падежа скота и разной хвори. По этой причине его развешивали не только в жилищах, где проживают сами люди, но и в хлевах, где живут домашние животные и скотина.
Он применяется в ритуалах всех народов мира, которые живут на территориях его произрастания. Из можжевельника делают амулеты и обереги. Ветками можжевельника (наподобие нашим ёлочным ветвям) в некоторых странах устилают дорогу для умершего, сжигают растение на похоронах. Кроме того, можжевельник используется против змей. Например, в мифе об аргонавтах, Медей и Ясон именно при помощи можжевельника усыпили чудовище-змея, которое охраняло золотое руно.
Стоит сказать и об известной "волшебной палочке". Есть предположение, что эта палочка изготавливалась именно из можжевелового прутика. Такая палочка может усилить магические способности человека, поможет сделать его слово и действия крепче. Считается, что можжевеловая ветка уже сама по себе является амулетом, оберегом от злых сил и людей с плохими мыслями или намерениями. Прикреплённая ветка к входной двери может отпугнуть нечистую силу или нечистого на помыслы человека, а также привлечь удачу. Для этих же целей можжевельник выращивали прямо перед крыльцом (преимущественно с северной стороны). Живой куст может отпугнуть воров. Также можжевельник раскуривали, то есть поджигали ветку и ходили с ним по всему дому, строению или месту проведения празднества, места проведения обряда, лечения и т.д., чтобы дым проник во все места и прогнал нехорошие сущности. Считается что те выходцы из иного мира, которые по своей сути являются враждебными человеку, на дух не переносят дыма этого растения. Для того чтобы прогнать болезнь, человека окуривали дымом можжевельника.
Окуривание больных, обычных людей, дома, животных можжевеловым дымом особенно распространено в Южной Сибири. Возможно, что раньше такое же распространение это имело и в других регионах России и на территории расселения славян, но сейчас эта традиция в полной мере осталась разве только в Туве и некоторых других областях. Без окуривания дымом можжевельника здесь не обходится ни один ритуал, ни один обряд, лечение больного, праздник или похоронно-обрядовая деятельность. Для тувинского шамана специальная лампада-курительница с веточками можжевельника один из самых неотъемлемых атрибутов.
Славяне окуривали жилища при болезнях, при эпидемиях, при несчастьях, при подозрениях на сглаз, порчу, приворот и другие негативные магические воздействия. Также окуривание совершали и в профилактических целях и в особые праздники, когда считалось, что нечисть может сильно повредить людям. Для этих же целей - отведение магии, злых духов и болезней - окуривали животных.
Если верить сонникам, то приснившийся можжевельник сулит удачу в делах, счастливые перемены в жизни, любовь, выздоровление для больного и так далее.
Можжевельник настолько широк в своём применении, что его использовали практически во всех областях, касаемо магии. Например, ягоды можжевельника нанизывали на нитку, и получившиеся бусы постоянно носили с собой для привлечения удачи в любовных делах, для увеличения привлекательности и даже для потенции. Можжевеловая ветка, которая находится всегда при человеке, может уберечь от несчастных случаев. Можжевеловый веник для бани может укрепить дух и прогнать все хвори.