В 1842 году правительство Браулио Каррильо было свергнуто генералом Франсиско Морасаном, который пытался восстановить Федерацию Центральной Америки. Однако в том же году Морасан был также свергнут и казнен. Коста-Рика вступила в период политической нестабильности. В 1849 году пост президента занял Хуан Рафаэль Мора Поррас. Он восстановил порядок, продолжил реформы. В 1854 году в Центральную Америку при поддержке правительства США, стремившегося превратить этот район в свою колонию, вторгся отряд американского авантюриста Уокера. Костариканские войска 20 марта 1856 при Санта-Росе и 11 апреля при Ривасе разбили войска Уокера, положив начало разгрому интервентов, под предводительством авантюриста Уильяма Уокера, который провозгласил себя президентом Никарагуа и вторгся в пределы Коста-Рики. С конца 50-х гг. происходил быстрый подъём экономики; началось производство кофе и бананов на экспорт.