Троице-Сыпанов Пахомиево-Нерехтский монастырь был основан в 1365 году преподобным Пахомием Нерехтским.

В Смутное время вместе с Нерехтой он неоднократно подвергался разграблению и сожжению от поляков. В 1764 году был обращен в приходскую церковь.
В 1832-1865 годах в Троицкой церкви служил крупнейший церковный историк Костромского края, один из выдающихся ученых ХIХ века — протоиерей Михаил Диев.