Родился 5 августа 1913 года в крестьянской семье. Русский. Окончил 4 класса Решетовской начальной школы Кочковского р-на. В 1927 году заменил умершего отца в своём единоличном бедняцком хозяйстве и стал главным кормильцем в семье. В период коллективизации в 1930 году семья вступила в колхоз, где до призыва в Красную Армию работал рядовым колхозником. С октября 1935 г. по ноябрь 1937 г. проходил срочную службу в рядах РККА. Демобилизовавшись, вернулся в родное село и поступил на курсы трактористов при Решетовской МТС. Затем работая трактористом, показывал образцы труда, мастерства своего дела, систематически выполнял и перевыполнял сменные задания. Как одного из лучших механизаторов дирекция МТС направила его на учёбу в краевую школу бригадиров тракторных бригад Алтайского края. В сентябре 1938 года стал бригадиром тракторной бригады Решетовской МТС. В ноябре 1941 года призван в Красную Армию. С марта 1942 года в действующей армии на должности ездового 940-го артиллерийского полка (970 АП) 370-й стрелковой дивизии (370 СД) Северо-Западного фронта, неоднократно под огнём противника подвозил боеприпасы на огневые позиции, за что получил благодарность командующего фронтом, затем воевал наводчиком орудия батареи 970 АП, в боях вместе с расчетом орудия уничтожил 3 пулемета, 2 огневые точки, 1 противотанковое орудие, а также разрушил 4 блиндажа противника. 11 сентября 1943 года Приказом по 970 АП награждён медалью «За отвагу». Байдуга — член ВКП(б) с 1943 года. С 18 по 20 июля 1944 года в наступательных боях на подступах к реке Западный Буг районе города Хелм Польша наводчик орудия 970 АП 370 СД 69-й армии 1-го Белорусского фронта сержант Байдуга в составе расчета уничтожил до 30-ти немецких солдат и офицеров, а также прицельным огнём орудия сорвал вражескую контратаку, дав возможность продвинуться вперед нашей пехоте, за что командиром 370-й стрелковой дивизии полковником Гавилевским был представлен к ордену Отечественной войны 2-й степени, но Приказом по 91-му стрелковому корпусу (91 СК) № 042 от 2.08.1944 года был награждён орденом Славы 3-й степени. С 14 января по 9 февраля 1945 года в ходе Висло-Одерской наступательной операции при наступлении с Пулавского плацдарма в сторону Радома Польша наводчик орудия 970 АП 370 СД 69 А 1 БФ сержант Байдуга в составе расчета из своего орудия уничтожил до 80-ти немецких солдат и офицеров, 10 пулеметов противника, также подбил вражеское самоходное орудие. За что Приказом по 69-й армии № 186/н от 17 мая 1945 года был награждён орденом Славы 2-й степени. В феврале 1945 года командир орудия 970 АП 370 СД ст. сержант Байдуга одним из первых вместе с орудием и расчетом форсировал р. Одер с ходу открыв огонь по врагу. За несколько дней боев его расчет неоднократно отражал вражеские контратаки уничтожив при этом 130 вражеских солдат и офицеров, самоходное орудие «Фердинанд», 3 пулемета и 2 гранатомета противника. Командиром 370 СД генерал-майором Гавилевским был представлен к ордену Ленина, но Приказом по 69-й армии № 206/н от 25 мая 1945 года был награждён орденом Красного Знамени.

В 1946 году Байдуга был демобилизован и вернулся на свою родину в село Решеты. Проработав год трактористом, с 1947 года он бессменный бригадир тракторно-полеводческой бригады МТС, колхоза, затем Решетовского совхоза. В любые погодные условия его бригада добивалась наивысших урожаев в совхозе. В 1956 году он со своим коллективом механизаторов на площади 1500 га вырастил и собрал урожай по 28 центнеров с каждого гектара, тогда как в совхозе он составил 18,7 центнера, за что был удостоен ордена Трудового Красного Знамени. В крайне засушливом 1964 году бригада собрала по 10 центнеров с гектара, при 6 центнерах урожайности в совхозе. В 1966 году он вывел свою бригаду на третье место в районе.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 апреля 1967 года за достигнутые успехи в увеличении производства и заготовок зерна в 1966 году бригадиру совхоза «Решетовский» Кочковского района Новосибирской области Байдуге Михаилу Петровичу присвоено звание Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот». 25 мая 1973 года сын М. П. Байдуга — инспектор ГАИ мл. сержант милиции Дмитрий Байдуга вместе с напарником обеспечивал безопасность движения велосипедистов на одном из этапов во время многодневной велогонки. Когда показалась колонна спортсменов, милиционеры увидели, что навстречу им на высокой скорости идет автомобиль «Запорожец», а его начал обгонять грузовик-длинномер «Колхида». Было ясно, что при такой большой скорости на узком полотне дороги водитель грузовика не справится с управлением и врежется в колонну велосипедистов. Инспекторы ГАИ выехали на дорогу и подставили под удар борт своей машины, в результате чего погибли на месте.                                                   За мужество и отвагу, проявленные при исполнении служебного долга, Д.М.Байдуга и его напарник посмертно награждены орденами Красной Звезды.

Михаил Петрович Байдуга скончался 7 сентября 1982 года. Похоронен на кладбище в с. Решеты Кочковского р-на Новосибирской об-ти. Награды Золотая медаль «Серп и Молот» Героя Социалистического Труда (19.04.1967) орден Ленина (19.04.1967) орден Красного Знамени (25.05.1945) Орден Трудового Красного Знамени (1956) Орден Славы 2-й степени (17.05.1945) Орден Славы 3-й степени (02.08.1944) Медали, в том числе: «За отвагу» (11.09.1943)[6] «За воинскую доблесть. В ознаменование 100-летия со дня рождения Владимира Ильича Ленина» (1970) «За победу над Германией в ВОВ 1941—1945 гг.» «Двадцать лет Победы в ВОВ 1941—1945 гг.» «Тридцать лет Победы в ВОВ 1941—1945 гг.» «За взятие Берлина» «За освобождение Варшавы» «Ветеран труда» «За освоение целинных земель» «50 лет Вооружённых Сил СССР» «60 лет Вооружённых Сил СССР»