Выпуск грузопассажирского УАЗ-39625 был начат в 2001 году. За основу был взят кузов санитарного УАЗ-3962, который, однако, лишился кронштейнов, подвесных ремней крепления носилок и прочего медицинского оборудования, получив взамен откидные двухместные сидения в салоне (пассажировместимость составляет до 9 человек). В соответствии с разделом 3 Системы сертификации ГОСТ Р эти автомобили были отнесены к специализированным пассажирским транспортным средствам, в связи с чем в одобрении типа транспортного средства (ОТТС) делалась запись, что машины не могут использоваться в качестве маршрутных транспортных средств. УАЗ-39625 выпускается до настоящего времени. Вследствие необходимости соответствия экологическим нормам двигатель микроавтобуса несколько раз дорабатывался и в настоящее время соответствует уровню «Евро-4». Кроме того, выпускается модификация с двигателем УМЗ-4218 рабочим объемом 2,8л (северное исполнение обозначается как УАЗ-396259-090).