3 сезон.

В Sailor Moon S новой миссией воинов становиться поиск трёх талисманов, которые образуют Святой Грааль – Чашу, способную уничтожить весь мир. Новые Сейлор воины – Харука Тено (Сейлор Уран) и Мичиру Кайо (Сейлор Нептун). Харука и Мичиру чрезвычайно преданны своей миссии найти талисманы и готовы на любые жертвы, включая друг друга, они делают всё для того, чтобы не допустить разрушения мира. Враги – Апостолы Смерти – сумасшедший учёный и его верная помощница Каоринайт, а также Ведьмы. История начинается с того, что Рей снится сон о конце мира, который случится, если Талисманы попадут к Апостолам. В борьбе с врагом силы Сейлор Мун оказываются безрезультативными, и силой своей любви Усаги и Мамору создают новую брошь. Также Воительницы встречают новых воинов – Урана и Нептуна, которым очень не нравится то, что внутренние воины постоянно крутятся у них под ногами и мешают в поисках талисманов. Но как же иначе, ведь Воительницы верят, что человек, у которого забирают талисман, погибает.
В следующих сериях девочки знакомятся с Харукой и Мичиру, а Уран и Нептун всё также продолжают поиски, но не один из кристаллов чистых сердец не оказывается талисманом, даже чистое сердце Усаги, которое сияет необычайно ярко. К всеобщему удивлению (особенно Усаги) из будущего пребывает Чибиуса и говорит, что она – запасной воин в матроске Сейлор Чиби Мун. Хотя она сильно раздражает Усаги, Чибиуса играет очень важную роль в следующих сериях сериала. В 109 серии обстановка накаляется – Нептун, Уран и Сейлор Мун раскрывают свои истинные сущности. Юджин также узнаёт это и вычисляет, что Уран и Нептун – носители Талисманов. Когда Юджин захватывает их Талисманы, Уран и Нептун почти умирают, но появляется Сецуна Мейо, Сейлор Плутон. Она говорит, что у неё – третий Талисман. Уран и Нептун возвращаются к жизни, а из трёх Талисман образуется Святой Грааль. С его помощью Сейлор Мун становится Супер Сейлор Мун. Тем временем у Чибиусы появляется подруга – Хотару Томо, дочь Соичи Томо. Внешние воины обнаруживают, что она – Воин Разрушения, Сейлор Сатурн, и пытаются убить её, но Сейлор Мун защищает Хотару. Хотару исчезает.
Каоринайт похищает чистое сердце Чибиусы. С его помощью Хотару становится Мистресс Найн. Три внешних воина пытаются проникнуть в школу Мюген, источник зла, но удаётся это только Урану и Нептуну благодаря жертве Плутон. Уран и Нептун хотят уничтожить Мистресс Найн, но Сейлор Мун защищает её – она верит, что Хотару ещё жива. С помощью хитрости Мистресс завладевает Святым Граалем и призывает Фараона Найнети на Землю. Это уничтожает Чашу, и в конечном счёте Хотару удаётся победить в себе Мистресс. Сатурн возвращает Чибиусе её чистое сердце и отправляется на битву с Фараоном Найнети. Благодаря силам Воительниц Сейлор Мун становится Супер Сейлор Мун без Святого Грааля и следует за Сатурном. Супер Сейлор Мун удаётся победить Фараона. Хотару возрождается как младенец и возвращается к отцу. Харука и Мичиру признают в Сейлор Мун Принцессу.