В медицине используют корневища змеевика, которые собирают осенью, после увядания надземной части растения. Выкопанные корневища очищают от земли, обрезают многочисленные мелкие корни, остатки стеблей и листьев, отмирающий конец корневища. После этого корневища промывают холодной водой и сушат в теплых, хорошо проветриваемых помещениях или на открытом воздухе. Готовое сырье представляет змеевидно-изогнутые корневища, несколько сплюснутые, с поперечными кольцевидными утолщениями и следами удаленных придаточных корней. Корневища змеевика содержат 15-25% дубильных веществ, галловую кислоту, крахмал, красящие вещества в небольшом количестве, аскорбиновую кислоту. Препараты горца змеиного применяются в виде отваров как вяжущее средство при острых и хронических поносах и других острых воспалительных процессах кишечника; наружно — при воспалительных процессах слизистой оболочки полости рта: стоматите, гингивите. Для приготовления отвара столовую ложку измельченных корневищ растения заливают стаканом кипящей воды, кипятят 20-30 минут, процеживают и принимают по столовой ложке 3 раза в день до еды. Такой же отвар применяется для полоскания.