Торжественное открытие музея состоялось 19 ноября 2013 года. Свои двери для широкой публики музей открыл в апреле 2014 года. Музей работает без выходных с 10:00 до 20:45, кассы открываются в 9:30. Организация-учредитель музея — Культурно-исторический фонд «Связь времён», созданный в 2004 году известным российским предпринимателем Виктором Вексельбергом. Директор музея — Владимир Воронченко. Музей создан для коллекционирования, экспонирования и популяризации шедевров русского искусства. Целью создания музея является не получение прибыли, а возвращение россиянам утраченных шедевров российского искусства. Музей также работает как культурно-просветительский и научный центр, регулярно организующий мероприятия, направленные на ознакомление широкого круга петербуржцев и гостей города с историей творчества Карла Густавовича Фаберже. С 3 февраля по 2 мая 2016 года в Музее Фаберже прошла первая в России выставка работ мексиканской художницы Фриды Кало. Музей состоит из 11 помещений: Рыцарский зал, Красная гостиная, Синяя гостиная, Золотая гостиная, Аванзал, Белая гостиная, Голубая гостиная, Выставочный зал, Готический зал, Верхняя буфетная, Бежевый зал. Цена на посещение музея на 2020 год, составляет 1000 руб на экскурсионный сеанс, 500 руб — индивидуальный.

Начало формированию экспозиции музея положила покупка Виктором Вексельбергом в 2004 году коллекции произведений Фаберже, принадлежащей потомкам американского миллиардера Малкольма Форбса (1914—1990). Форбс был страстным коллекционером изделий фирмы Фаберже, потратившим несколько десятков лет на их поиск и приобретение на крупнейших мировых аукционах. В 2004 году его коллекция должна была быть выставлена на аукцион для продажи в виде отдельных лотов. Однако представителям Вексельберга удалось договориться о продаже коллекции Форбса единым лотом. Таким образом уникальная коллекция шедевров Фаберже была не только спасена от «распыления» по всему миру, но и переехала в Россию. На основе коллекции, приобретенной у Малкольма Форбса, было решено создать экспозицию Музея Фаберже в Санкт-Петербурге. Для размещения экспозиции был выбран дворец Нарышкиных-Шуваловых в Санкт-Петербурге, в котором до этого находился Дом дружбы. Фонд «Связь времён» заключил с администрацией Санкт-Петербурга соглашение о передаче дворца в аренду фонду сроком на 50 лет. В 2006 году стартовала реставрация дворца, продолжавшаяся 7 лет и стоившая около 1,2 млрд рублей. Ремонт производился без привлечения государственных средств. В настоящее время коллекция музея насчитывает более 4000 единиц хранения, среди которых, помимо знаменитых пасхальных яиц, — фантазийные предметы, столовое серебро, интерьерные и культовые предметы, а также ювелирные украшения, созданные фирмой Фаберже. Также в коллекции музея — работы современников и соперников Фаберже — мастеров ювелирного дела И. Сазикова, П. Овчинникова, Ф. Рюкерта, И. Хлебникова и многих других. В Выставочном зале музея представлены полотна И. Айвазовского, К. Маковского, К. Брюллова, В. Аммона, В. Поленова, Г. Семирадского и женские портреты А. Харламова. В Верхней буфетной дворца Нарышкиных-Шуваловых вывешены работы П. О. Ренуара, Луи Вальта, Анри Мартена, К. Коровина и К. Горбатова. В Готическом зале дворца экспонируется коллекция русских икон. Музей Фаберже в Санкт-Петербурге по праву гордится тем, что в его коллекции находятся первое и последнее из 50 императорских пасхальных яиц, изготовленных мастерскими Карла Густавовича Фаберже в период с 1885 по 1916 годы.

Императорское пасхальное яйцо «Курочка» Первое из императорских яиц — «Курочка» — было изготовлено в 1885 году. Яйцо было заказано императором Александром III как пасхальный подарок для его супруги — императрицы Марии Федоровны, в девичестве датской принцессы Дагмары. Александр III обратился к Карлу Густаву Фаберже не случайно: в 1882 году император остался под впечатлением от увиденных им на Всероссийской художественно-промышленной выставке работ ювелирного гения. В процессе создания яйца «Курочка» Фаберже ориентировался на аналогичные европейские ювелирные изделия. В частности, в 1720-е годы в Париже неизвестным мастером были изготовлены три похожих пасхальных яйца. Это яйцо, в настоящее время находящееся в коллекции Музея истории искусств в Вене, золотое яйцо с эмалевым желтком (до 1924 года находилось в Государственном собрании Дрездена) и яйцо герцогини Вильгельмины (ныне хранится в замке Розенборг). С большой долей вероятности можно утверждать, что именно яйцо герцогини Вильгельмины, увиденное Александром III и Марией Федоровной на художественно-промышленной выставке в Копенгагене в 1879 году, и было выбрано августейшим заказчиком в качестве образца для подражания. Карл Густав Фаберже, по сути, создал собственную версию яйца герцогини Вильгельмины: непрозрачная опаковая эмаль имитирует скорлупу, а желток сделан из матового золота. В желтке находится курочка из разноцветного «мозаичного золота», внутри которой — миниатюрная императорская корона в виде рубинового яйца-кулона. Изготовление заказа курировал великий князь Владимир Александрович, приходившийся императору родным братом. Именно он и снабдил готовое яйцо инструкцией для будущей владелицы. Александр III, правда, переживал, понравится ли подарок его супруге. Но он настолько пришелся ей по вкусу, что в том же году Карл Густав Фаберже получил звание Придворного поставщика, а выполнение Высочайшего заказа стало его ежегодной обязанностью. Императорское пасхальное яйцо-шкатулка «Ренессанс» Яйцо «Ренессанс» было изготовлено в 1894 году и является последним пасхальным подарком Александра III его супруге, так как в том же году император скончался. В процессе создания яйца «Ренессанс» работавший над ним мастер фирмы Фаберже Михаил Перхин ориентировался на шкатулку XVIII века из собраний Музея-сокровищницы в Дрездене, изготовленную голландским мастером Ле Роем. Однако Фаберже превратил овальную шкатулку в расположенное горизонтально пасхальное яйцо, вырезанное из агата. Его оправа изготовлена из золота, частично покрытого полихромной эмалью. Оправу украшают львиные маскароны, а также вкрапления алмазов и рубинов. Дата создания яйца выложена на верхней половине яйца алмазами огранки «роза». Императорское пасхальное яйцо «Бутон розы» Традицию вручения яиц, изготовленных фирмой Фаберже, в качестве подарка на Пасху своей супруге, после смерти Александра III продолжил его сын, император Николай II. Яйцо «Бутон розы» стало подарком Николая II императрице Александре Федоровне, в девичестве принцессе Алисе Гессен-Дармштадтской, на Пасху 1895 года. Это первое яйцо, изготовленное Фаберже по заказу Николая II. Многими исследователями «Бутон розы» воспринимается как своего рода признанием Николая II в любви к Александре Федоровне. Выполненное в неоклассическом стиле яйцо покрыто прозрачной ярко-красной («земляничной») эмалью на гильошированном фоне и украшено символами верности и любви: венками из золота, лиственными гирляндами и алмазными стрелами. На вершине яйца, под большим плоским алмазом, расположен миниатюрный портрет Николая II, написанный акварелью на пластине из слоновой кости. А под расположенным снизу алмазом аналогичного размера размещена дата изготовления подарка. У яйца есть сюрприз — давший ему название бутон чайной розы на небольшом стебле с маленькой кнопкой, при нажатии на которую лепестки розы раскрываются. Императорское пасхальное яйцо «Коронационное" Яйцо «Коронационное», являющееся символом фонда «Связь времён», — одно из самых известных творений фирмы Фаберже. Яйцо, посвящённое торжествам по случаю коронации Николая II и Александры Федоровны, было подарено императором императрице на Пасху 1897 года. Уникален сюрприз яйца — точная копия коронационной кареты, созданной при Екатерине II. Модель кареты была собрана молодым мастером фирмы Фаберже — Г. Штейном, в мельчайших деталях воссоздавшим дизайн оригинала. Модель получилась настолько точной, что специалисты Государственного Эрмитажа, занимавшиеся реставрацией коронационной кареты, ориентировались на её миниатюрную копию, содержащуюся в яйце «Коронационное». Модель кареты увенчана золотыми двуглавыми орлами по углам и миниатюрной бриллиантовой короной. Яйцо состоит из двух соединенных шарниром частей. Скорлупа яйца покрыта прозрачной жёлтой эмалью, наложенной на гильошированный фон резных лучей, а накладные эмалевые орлы соединены ветвями из золота. Как и яйцо «Бутон розы», яйцо «Коронационное» снизу и сверху украшено двумя алмазами. На верхней части находится алмаз с вензелем императрицы, а сквозь алмаз на нижней части читается дата «1897».