Одним из важнейших свойств спирулины является ее иммуномодулирующее действие, наибольшее влияние на которое оказывают С-фикоцианин и полисахариды.

Спирулина положительно влияет на иммунные функции организмов и способствует восстановлению как клеточной, так и гуморальной иммунных систем. Компоненты спирулины оказывают положительное действие на продуцирование антител базофильными инсулоцитами (B-клетками):
Согласно литературным данным, спирулина может успешно принимать участие в комплексной терапии таких заболеваний, как ревматоидные артриты, колиты, местные и системные аллергические заболевания, воспаления различной этиологии, вирусные и раковые заболевания, а также отравления некоторыми тяжелыми металлами. В сочетании с питательной ценностью, относительно низкой себестоимостью и практическим отсутствием негативных побочных эффектов это делает спирулину востребованным продуктом.