В случае реализации товаров (работ, услуг) обособленному подразделению организации по строке 6б счета-фактуры «ИНН/КПП покупателя» необходимо указывать КПП соответствующего обособленного подразделения.

Данный вывод приведен в письме Министерства финансов Российской Федерации от 05.09.2014 № 03-07-09/44671.
Минфин обращает внимание, что в соответствии с подпунктом «л» пункта 1 Правил заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 26.12.2011 № 1137, в строке 6б счета-фактуры указываются идентификационный номер налогоплательщика и код причины постановки на учет налогоплательщика-покупателя. Поэтому в случае реализации товаров (работ, услуг) обособленному подразделению организации по строке 6б счета-фактуры «ИНН/КПП покупателя» указывается КПП соответствующего обособленного подразделения.
Кроме того, в письме указывается, что согласно абзацу второму пункта 2 статьи 169 Налогового кодекса Российской Федерации ошибки в счетах-фактурах, не препятствующие налоговым органам при проведении налоговой проверки идентифицировать продавца, покупателя товаров (работ, услуг), имущественных прав, наименование товаров (работ, услуг), имущественных прав, их стоимость, а также налоговую ставку и сумму налога, предъявленную покупателю, не являются основанием для отказа в принятии к вычету сумм налога на добавленную стоимость.