Предполагалось, что в КосмоЗоо будут показаны экзотические животные: «Справа Коля видит поляну. На поляне гуляют три коровы. Самые, казалось бы, обыкновенные. Но если смотреть сбоку – только две ноги. Коля глядит на этикетку. „Склисс обыкновенный, – написано на ней. – Водится в окрестностях Паталипутры. Не кормить, не дразнить“. Холодные глаза большой змеи глядят в упор, на Колю. Коля пытается взглядом проследить, где она кончается. Но змея, оказывается, не кончается. Она тянется бесконечно по стволу, по земле, и ее хвост исчезает в домике, где она живет. Коля видит, как из земли на глазах появился зеленый росток, который начал выпускать листья и в течение считаных секунд превратился в куст с бутонами. Бутоны начали раскрываться, и тут же вместо цветов в них появились блестящие елочные шары. Внимание Коли привлекает аквариум. В нем оранжевый шар. Неподвижный. Вокруг веточки, цветы. Написано коротко: „Шар оранжевый“. Внизу маленькими буквами: „Холодные болота Анкудины“. „Ну и что?“ – спрашивает Коля вслух. И вдруг шар медленно открывает глаз». Но показать чудо-зверей на экране не получилось из-за ограниченного бюджета картины

А еще в каждой серии должен был появляться герой, который не участвовал в развитии сюжета, – фокусник. Он показывал трюки с картами, на которых были изображены герои, доставал из цилиндра букет и дарил его Полине (в сценарии ее звали Лукреция), а в сцене прощания ребят с Алисой утирал им слезы платком. Но потом эту роль сократили. В сцене похищения миелофона космические пираты сталкивали Алису в пруд (кстати, опыт она проводила не на крокодиле, как в фильме, а на дельфине, который потом выталкивал ее на поверхность воды). Снимать эпизод не стали: вода оказалась слишком холодной, и была опасность, что Наташа Гусева простудится

В фильме нам так и не удается услышать стихи робота Вертера. В сценарии они были: «Что за жизнь у робота! Хлопоты, хлопоты… Если все ты сделал даже, кто тебе спасибо скажет?..»

В фильме, когда девочки сбегают домой из больницы, Юлина бабушка первым делом, чтобы они не простудились, отправляет их в ванную. Уже на площадке родилась идея снять купание Алисы и Юли в ванне с пеной. «Мы с Марьяной краснели, представляя себя в этой ванне, – вспоминает Наталья Гусева. – Но то ли ванна была слишком большая, то ли пены не нашли… Бог миловал, сцену снимать не стали»

В сценарии был эпизод, в котором Коля, чтобы уйти от преследования пиратов, предлагал им попробовать вишневое мороженое. Злодеям оно так понравилось, что они не могли остановиться, и где-то на пятидесятой порции мальчику удавалось сбежать.

В фильме Алиса поражает учителей и одноклассников знанием языков и «прыгучестью». В сценарии было еще несколько эпизодов, в которых она демонстрировала необычные для девочки ее возраста способности. Например, играла в волейбол: «Алиса подпрыгнула так высоко, словно у нее в тапочках были пружины. Рука ее поднялась, чуть коснулась мяча. Мяч под острым углом врезался в площадку и рикошетом отлетел к дальней стенке. Это было так неожиданно, что никто не успел ничего сообразить». Или поражала учительницу математики сложным доказательством

У сцены, в которой Алиса прыгает через забор, предполагалось продолжение (в сценарии его не было): вслед за девочкой прыгала тренер Марта Скрыль. «Эту роль играла Наталья Варлей, но прыгала дублерша, – рассказывает ассистент по монтажу Нина Мальтина. – Но потом от этих кадров отказались, уже не помню почему. То ли на сдаче фильма нам сказали: „Не делайте из нее инопланетянку!“, то ли действительно сначала хотели показать, что Марта тоже из будущего, а потом передумали»

В сценарии, когда в класс приходили пираты, Алиса сбегала таким образом: «За окном растет большой дуб. Ветви не достают двух метров до окна. Вдруг Алиса прыгает вперед, на лету хватается за толстый сук, качается на нем, перелетает на следующий и оттуда, как кошка, – на землю». Трюк был слишком сложным, и снимать его не стали

Самый обсуждаемый «вырезанный» эпизод — сеанс одновременной игры в шахматы. Роль гроссмейстера, потерпевшего поражение от Алисы, играл Раднэр Муратов (Василий Алибабаевич из «Джентльменов удачи»). Этот снятый, но потерянный фрагмент фильма даже попытались воссоздать фанаты, правда гроссмейстер в ролике другой

Последним кадром планировался вид города будущего (этого тоже не было в сценарии). «Мы долго думали, какая тогда будет архитектура, – вспоминает художник комбинированных съемок Вячеслав Ребров. – Ходили по выставкам, читали журналы, изучали, что делалось на Западе по этому вопросу. Решили, что, раз картина детская, путь будет уклон в биологию. На эскизах были природные формы, чуть ли не грибы. Тогда действительно активно развивалось научное направление – бионика. И, кстати, потолок в космопорте я сделал в виде пчелиных сот, это видно в кадре. Но потом режиссер передумал показывать город будущего»