Это значит, что человек хочет наказать оппонента или проучить за что-то.  Раки обитают в пресных водоемах: с наступлением холодной погоды они роют себе норы. Найти их «домики», спрятанные под корягами, очень трудно. Раньше считалось, что выловленные с сентября по апрель раки особенно вкусны. Добывать их приходилось в ледяной воде! Сомнительное удовольствие: роскошный ужин с деликатесами на столе для барина и переохлаждение и болезни — для слуги. Так что, приказ отправиться на поиски «где раки зимуют» подразумевал очень суровое наказание.  Со временем у этого выражения появилось переносное значение. Раков никто уже ловить не заставляет, но в качестве угрозы фраза по-прежнему используется.