Здание было спроектировано архитектором Юрием Коганом в 1985 году в стиле советского модернизма. По форме оно напоминает корабль. Пять женских скульптур на фасаде символизируют пять морей, с которыми связана Москва: Черное, Каспийское, Азовское, Белое и Балтийское.

Южный речной вокзал изначально находился у Даниловского моста. Это было деревянное здание, построенное в 1930-х. Отсюда можно было отправиться на пароходную прогулку по Оке, Волге и Каме. В 1972 году здание разобрали и открыли временный дебаркадер на Нагатинской набережной из-за реконструкции района. Оттуда можно было добраться до Нижнего Новгорода и Рязани.

В 1990-е годы после распада СССР речные перевозки погрузились в кризис и практически прекратились. Здание превратилось в ярмарку детских товаров и авторынок.

Современный Южный речной вокзал находится неподалеку от станции метро «Технопарк». Его реставрация началась 2 года назад. Здесь разместились залы ожидания, выставочное пространство Музея транспорта города, смотровая площадка и зона отдыха на крыше.

Первый круизный теплоход отходит с вокзала 5 мая. Отсюда можно будет отправиться в круизы по 30 городам России: Нижний Новгород, Ярославль, Кострому, Коломну, Тверь, Казань. Кроме того, здесь будет остановка теплоходов, которые следуют по московским маршрутам.

Северный речной вокзал, построенный в 1937 году в стиле «сталинского ампира», открылся в Москве в 2020 году.