Экскременты, внесенные в почву, под воздействием растений и микроорганизмов разлагаются, однако внесение их в избыточном количестве, больших дозах, превышающих потребности растений, ведет к нарушению механизма преобразования и может ухудшить многие свойства почв — водопроницаемость, влагоемкость, содержание кислорода, а значит, и плодородие почвы. Одновременно с основными питательными элементами (N, P, K), содержащимися в навозе, в почву попадают и могут накапливаться в токсичных концентрациях и другие соединения, отрицательно влияющие на почву и растения. К таким соединениям относятся NaCl из корма свиней (приблизительно 10 г на голову в сутки), биостимуляторы, гигиенические средства по очистке загонов, средства борьбы с вредителями. В почву попадают медь и мышьяк, которые добавляют в корм птицам против некоторых заболеваний или для стимуляции роста, а также подвижный цинк, железо, магний.
Внесение в почву экскрементов животных в дозах, превышающих оптимальную (45 т/га/год), неблагоприятно сказывается на плодородии почв и жизнедеятельности микроорганизмов и растений. В почве появляется избыток растворимых солей, которые могут вызывать задержку роста растений или вымываться в грунтовые воды. Нитраты, присутствующие в почве в избыточном количестве, могут мигрировать через почвенный профиль к грунтовым водам, а также смываться поверхностными водами в процессе эрозии.