Его научная и практическая деятельность является важной составляющей федерального проекта по обеспечению биобезопасности и санитарно-эпидемиологического благополучия населения нашей страны – «Санитарный щит».

Во время пандемии COVID-19 Институт стал флагманом в его изучении. Были оперативно разработаны 5 диагностических тест-систем.

ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора сотрудничает:
со странами Восточной Европы, Закавказья и Центральной Азии в области противодействия распространению антибиотикорезистентности бактерий в пищевой продукции,
с Республикой Гвинея и Социалистической Республикой Вьетнам в борьбе с особо опасными и природно-очаговыми болезнями.
со структурами ООН и ВОЗ в области профилактики ВИЧ/СПИД в странах Восточной Европы и Центральной Азии.
Институт также оказывает научно-практическую помощь зарубежным странам в области эпидемиологии, диагностики, лечения и профилактики COVID-19.

Сегодня Институт является крупнейшим в России высокотехнологичным импортозамещающим предприятием по производству наборов реагентов и тест-систем для диагностики инфекционных болезней. Научная школа является одной из ведущих в РФ.

На базе Института функционируют:
Центр геномных исследований мирового уровня по обеспечению биологической безопасности и технологической независимости;
Научный центр по профилактике и борьбе со СПИДом;
Научно-методический центр иммунопрофилактики;
11 Всероссийских референс-центров;
4 проблемные комиссии ученого совета Роспотребнадзора;
17 научно-исследовательских лабораторий;
8 научных групп.