В целях повышения уровня защищенности информационной инфраструктуры Рособрнадзора на регулярной основе осуществляется взаимодействие с Федеральной службой по техническому и экспортному контролю (ФСТЭК России), в рамках которого, по состоянию на октябрь 2024 года, было устранено более 350 уязвимостей программного и технического обеспечения.

В целях повышения уровня безопасности информационных систем и ресурсов, оператором которых выступает Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки, по рекомендации Министерства цифрового развития связи и массовых коммуникаций Российской Федерации, Рособрнадзор проводит публичную программу поиска уязвимостей (Bug Bounty).
В случае обнаружения некорректной работы информационных систем и ресурсов Рособрнадзора или уязвимостей информационных систем Рособрнадзор просит сообщать о них на адрес электронной почты: pochta@obrnadzor.gov.ru .