Трудные времена для «Союзмультфильма» настали с началом Великой Отечественной войны. В тяжёлых условиях: не хватало материалов, еды, сотрудников, не было отопления в цехах, а зачастую и света - мультипликаторы создали несколько любимейших нами картин: «Сказка о царе Салтане», «Краденое солнце» и «Синдбад-мореход».

В послевоенные годы дела на студии резко улучшились. «Конек-Горбунок», «Цветик-Семицветик» и «Серая шейка» стали самыми яркими образцами мультипликационных картин того времени, а картина «Песенка радости» удостоилась бронзовой медали на Венецианском кинофестивале 1947 года.
В 50-х годах появилось множество новых стилей, мультфильмов с необычной прорисовкой — «Снежная королева» и «Необыкновенный матч», а в 1953 году начинается выпуск ещё и кукольных мультиков.

В 60-е рождаются культовые мультфильмы: «Винни-Пух», «Ну, погоди», «Трое из Простоквашино», «Жил-был пёс», «Крокодил Гена» и многие другие.
Период с начала 70-х годов по середину 80-х справедливо называют эпохой расцвета «Союзмультфильма». Это была крупнейшая мультипликационная студия Европы, на которой работало более 500 человек и выпущено более 1000 плёнок.

К сожалению, с конца 80-х годов для студии начался тяжелый кадровый, финансовый и творческий кризис. В 90-е годы "Союзмультфильм" существовал как производственная база для других студий. Авторские права на мультфильмы были проданы посредническим фирмам.
С начала 2000-х началось медленное возрождение студии. В 2015 году "Союзмультфильм" вернул себе права на управление "золотым фондом".

Сегодня "Союзмультфильм" активно занимается развитием сериальной продукции, адаптацией отечественной анимации под иностранные рынки, а также создает развивающий контент для детей.
За время существования "Союзмультфильма" было выпущено более 1,5 тысячи мультфильмов в разных жанрах и художественных техниках: кукольной, пластилиновой и рисованной. Многие фильмы обогатили золотой фонд мировой анимации, были отмечены престижными международными и российскими наградами, стали неотъемлемой частью отечественной культуры.