Главной причиной введения опричнины была внутренняя оппозиция курсу царя. Иван Васильевич чувствовал, что на Руси не ладно. Многие его мероприятия встречали скрытое противодействие. Начатые дела саботировались, тормозились, сводились на нет. Многим могущественным людям не нравилась централизация России, курс на ликвидацию старых вольностей.
Опричниной был назван тот территориальный удел, который царь Иоанн отделил лично себе в управление. А также от 1.000 до 6.000 войска, которое было избрано царём для опричной деятельности.
Всю остальную территорию Московской Руси Грозный повелел звать земщиной и передал в управление боярам.
Почему появилась опричнина?
Ранее в Русском государстве опричниной назывался вдовий удел после раздела имущества мужа и та часть удела великих княгинь, которыми они управляли по своему усмотрению, непосредственно.
Перед началом опричнины летописец описывает ситуацию в Московском государстве следующим образом:
"По грехом Руския всея земли, восташа мятеж велик и ненависть во всех людях, и междоусобная брань и беда велика, и государя на гнев подвигли, и за великую измену царь учиниша опричнину".
Что же за "мятеж велик" и "междоусобная брань" произошла тогда в русских пределах?
В своей переписке с князем Курбским царь Иоанн прямо обвиняет окружение эмигранта в том, что они отравили его любимую жену Анастасию: "А с женою моею зачем вы меня разлучили? Не отняли бы вы у меня моей жены, не было бы и Кроновых жертв".
То есть Иван Грозный объяснял опричные казни определённым ответом на действия так называемой "Избранной рады" (термин, употребляемый князем Курбским в отношении к группе влиятельных людей в Московском государстве).

В реальности "Избранная рада" не была официальным каким-то государственным учреждением, это была влиятельная группа в основном бояр, которая находилась в окружении царя и по-своему смотрела на дела Московского государства.
Возможно, разрыв с деятелями "Избранной рады" у царя Иоанна связан с целой чередой событий, кроме смерти жены: настояние бояр на передышке в Ливонской войне (1559), во время которой в войну вступили Польша и Швеция, а также выбор приоритета военных действий против Крымского хана или против Ливонии.
Нельзя сбрасывать со счетов и указ 1562 года об ограничении вотчинных прав. Указом запрещалось всем князьям продавать, менять и отдавать в приданое свои вотчины под страхом их изъятия. Вопрос о наследовании в определённых случаях рассматривался самим Царём. Земельная собственность становилась по своему статусу ближе к жалованным Царём за службу дворянским землям. Некоторые члены знати решаются перебежать к полякам, так же как это сделал князь Курбский. И затем воюют на стороне врагов. При этом царское правительство в отдельных случаях даже перехватывает переписку поляков и русских бояр.
Так или иначе, но царь Иоанн решает разделить своё государство на опричнину, которую оставляет себе, и на земщину, которую поручает в управление Боярской думе.
Опричное войско одевается наподобие монахов в чёрные скуфейки и подрясники. И выполняет поручения Государя, зачастую связанные с репрессиями.
И всё же при произведённом "разделении" земщина не была брошена Царём на произвол судьбы и бояр. В ситуации военной опасности земщина обращалась непосредственно к Царю за защитой.
3 декабря 1564 года царь Иван Грозный с семьей внезапно выехал из столицы на богомолье. С собой он взял казну, личную библиотеку, иконы и символы власти. Посетив село Коломенское, государь выехал в Троице-Сергиев монастырь, затем в Александровскую слободу.
В дороге Иван Васильевич рассылает гонцов, призывает "выборных" дворян из всех городов, с людьми и "со всем служебным нарядом". Под рукой у государя собирается внушительное, верное ему войско. 3 января 1565 года митрополит и бояре получили от Ивана Васильевича грамоту, в ней перечислялись обиды и вины знати и чиновников со времен детства - расхищение государевой казны, земель, произвол в отношении людей, измены, покрывательство преступников, пренебрежение защитой Родины и так далее.

Одновременно другие посланники Ивана Грозного привезли другую грамоту, которую зачитали перед горожанами. В ней также перечислялись вины знати и чиновников. Царь заверял, что никакой обиды на простых людей не держит. Это был весьма умелый ход. Москва забурлила. Народ поднялся за своего государя. Бояре и духовенство, собравшиеся на заседание у митрополита, оказались в самой настоящей осаде. Народ потребовал отправить к царю делегацию и просить его вернуться.
Через два дня в Александровскую слободу отправилась делегация во главе с новгородским архиепископом Пименом. За ним двинулись бояре, дворяне, дьяки. Это была "капитуляция". Делегаты умоляли царя вернуться в столицу, соглашаясь с тем, чтобы "правил, как ему, государю, угодно" и над изменниками "в животе и казни его воля".
Когда в начале февраля 1565 года Иван Грозный вернулся в Москву, то объявил, что вновь принимает на себя правление, с тем, чтобы ему вольно было казнить изменников, налагать на них опалу, лишать имущества без докуки и печалований со стороны духовенства, и учредил 3 февраля "опричнину".
В опричнину царь отделил часть бояр, служилых и приказных людей и вообще весь свой "обиход" сделал особым: во дворцах Сытном, Кормовом и Хлебенном был назначен особый штат ключников, поваров, псарей, были набраны особые отряды стрельцов.
На содержание опричнины были назначены около 20 городов (в том числе Москва, Вологда, Вязьма, Суздаль, Козельск, Великий Устюг) с волостями. В самой Москве некоторые улицы были отданы в распоряжение опричнины (Чертольская, Арбат, часть Никитской и прочие). Прежние жители были переселены на другие улицы.
В опричнину было набрано также до 1000 князей, дворян, как московских, так и городских. Им были розданы поместья в волостях, назначенных на содержание опричнины. Прежние помещики и вотчинники были переведены из тех волостей в другие.
Однако Иван Грозный не хотел, чтобы "государевы люди" получив особые права, привилегии, возгордились. Он воспринимал свой пост, как службу Богу, государству и хотел, чтобы "опричники" стали своего рода военно-религиозным братством, служащим народу, Руси и Создателю. Центром опричного двора стала Александровская слобода. Функции опричников не ограничивались охраной государя. Опричники фактически стали первой на Руси спецслужбой. Их численность постепенно выросла до 6 тысяч воинов.
Царь продолжал и переселения, они были введены в систему. Переселив одних, их заменяли другими. Земли брали у крупных рязанских вотчинников, им давали взамен поместья в других уездах. В результате таких "рокировок" князей и бояр превращали в служилое дворянство. В результате Иван Грозный примерно за 4 года решил основную задачу - ликвидацию крупных вотчин и формировавшихся вокруг них группировок знати.
В декабре 1569 года, подозревая новгородскую знать в соучастии в "заговоре", государь в сопровождении большого войска опричников выступил против Новгорода.
2 января 1570 года войска вступили в Новгород,. Царь искал измену в государстве. Особенно досталось Новгороду, руководство которого обвинялось в желании перейти под польскую руку, возможно совершенно небезосновательно. А в самом городе устроили суровый розыск с казнями, в которых погибло по разным оценкам от 2 до 4 тысяч человек.
Из Новгорода Иван Грозный отправился к Пскову. Первоначально ему он готовил ту же участь, но царь ограничился только казнью нескольких псковичей и конфискацией их имущества.
В 1571 году на Москву вторгся крымский хан Девлет-Гирей. Согласно В.Б. Кобрину, разложившаяся опричнина при этом продемонстрировала полную недееспособность: привыкшие к грабежам мирного населения опричники просто не явились на войну, так что их набралось только на один полк (против пяти земских полков). Хотя в следующем году опричные полки в битве при Молодях плечом к плечу с земским войском, явив удивительное мужество и военное искусство, победили врага, численно превосходившего во много раз. Вообще оценки этого периода крайне разнообразны и зачастую полярны.
Вернувшись в Москву, Царь продолжил казни среди бояр, но под грозную руку в этот раз попали и сами опричники.
После же нашествия на Москву Девлет-Гирея Царь принял неожиданное решение отменить опричнину.
Раздел государства на царскую опричнину и боярскую земщину не решил задачу заставить аристократию служить Самодержавию, чему доказательством стала последующая Смута начала XVII столетия.
Жертвами репрессий за время опричнины стало, по результатам анализа поминальных списков, около 4,5 тысяч человек. По средневековым мерам не так уж и много, история знала гораздо более кровавые правления той эпохи.