Биоинформационные технологии, алгоритмы распознавания образов и сигналов, обработка больших данных, методы машинного обучения – об этом говорили в программе «Грани сибирской науки» с участием Дмитрия Штокало и Юрия Вяткина из компании «Новые Программные Системы».

Успешно разрабатывать программное обеспечение для решения наукоемких задач могут только те компании, которые обладают серьезным научным потенциалом. Одна из таких компаний – это «Новые Программные Системы» из новосибирского Академгородка, созданная на базе Института систем информатики СО РАН.
В программе «Грани сибирской науки» узнали, какие проекты реализованы за полтора десятка лет работы «Новых Программных Систем», поговорили об актуальных разработках, с помощью которых ученые делают наш мир лучше, и построили прогнозы. Гости программы – Дмитрий Штокало, кандидат физико-математических наук, директор компании, и Юрий Вяткин, руководитель проектов, рассказали о своем видении вероятного будущего через 5-20 лет, и места в нём «Новых Программных Систем».
Рассказывая об истории создания компании, Дмитрий Штокало отметил:
– Как это часто бывает в инновационных компаниях, «Новые Программные Системы» были созданы тогдашними студентами, и как ни странно, этому помогла утечка наших российских ученых на Запад. Научный руководитель студентов, которые занимались биоинформатикой в НГУ и в Институте систем информатики, уехал на Запад и устроился в одну известную компанию, которая занималась разработкой баз данных для генетики. Он не потерял связь со своими студентами, и оттуда, с Запада, стали приходить этим студентам настоящие заказы за настоящие деньги. И таким образом коллектив постепенно оформился в коммерческую компанию, это произошло в 2004 году. Сейчас в компании работает 48 человек, есть подразделения в Новосибирске – здесь головной офис, в Москве, Санкт-Петербурге.
– Как раз в это время оцифровали первый геном человека – это сейчас геном оцифровывают за несколько дней, а тогда первый геном оцифровывали 14 лет, начиная с 1989 года, – продолжил Дмитрий Штокало. – То есть можете себе представить, насколько сильно шагнули технологии вперед – то, что делалось ранее 14 лет, сейчас делается за 14 дней.
Компания «Новые Программные Системы» специализируется на разработке программного обеспечения в сфере биоинформационных технологий, создании алгоритмов распознавания образов и сигналов, обработке больших данных, методах машинного обучения. Высокоэффективные решения «Новых Программных Систем» используются для научных исследований в области персонализированной медицины в России, США, Европе, Китае.
– Один из наших флагманских заказчиков – это St. Laurent Institute из США, – рассказал Дмитрий Штокало, отвечая на вопрос об иностранных заказчиках, и пояснил, каково место «Новых Программных Систем» в исследованиях при создании новых лекарств:
– Допустим, фармацевтическая компания изучает влияние своего нового препарата на генном уровне, и заказывает исследование на мышах. Больных мышей лечат этим препаратом, для контроля секвенируют (определяют аминокислотную или нуклеотидную последовательность ДНК и РНК) здоровых мышей, и также для негативного контроля секвенируют больных мышей, но которых не лечили этим препаратом. В итоге секвенирования получаются большие данные, а мы из этих данных «вытаскиваем» метаболические пути, который испытываемый препарат активирует либо подавляет.
– Вам, возможно, потребуется провести какие-то дополнительные исследования относительно вашего продукта, и для этого вам гипотетически придется создавать свою команду исследователей, строить свой институт, заниматься самостоятельно исследованиями, в которых вы, может быть, не специалист, и поэтому имеет смысл эти исследования переложить на кого-то другого, – так объяснил Юрий Вяткин роль компании «Новые Программные Системы» в решении наукоемких задач заказчика при запуске нового продукта.
Дмитрий Штокало рассказал, что одной из главных задач в компании «Новые Программные Системы» считают обеспечение общения на одном языке математиков, программистов, биоинформатиков, биологов, медиков, генетиков – представителям различных профессий трудно понять методы работы друг друга, но без этого нельзя достичь амбициозных целей:
– Даже математики с программистами иногда не понимают друг друга, что уж тут говорить о понимании математиков и медиков. Для математиков если задача не формализована, то это не настоящая задача. А как быть медикам и биологам, у которых всё плохо формализуется в том смысле, что больше исключений, чем правил. И поэтому у математиков и медиков просто разная база логики, они, в лучшем случае, после встречи друг с другом перестают общаться. Наша задача – эту проблему решить.
Все подробности – в записи программы: https://www.nsk.kp.ru/radio/26791/3825659/ #bioIT #биоинформатика #bigdata #наука #генетика #метаболомика #ДНК #геном #ГраниСибирскойНауки #Новосибирск #СОРАН