Родился в Харькове 23 декабря 1924 года, был вторым ребенком в обеспеченной семье начальника по снабжению и домохозяйки. Учился на актёрском факультете Ленинградского театрального института . Член КПСС с 1947года. Актёр Пятигорского театра (1943—1945), Львовского театра оперетты (1945—1953), который позже переехал в Одессу и стал Одесским (с 1954) театром музыкальной комедии. В 1979—1983 — одновременно художественный руководитель и директор Одесского театра музыкальной комедии. В 1976 году Михаил Водяной стал первым артистом оперетты, получившим звание народного артиста СССР. В репертуаре Михаила Водяного были и Дулиттл, и Бони, и Реб Тевье, но наиболее органично и самобытно он выглядел в ролях одесситов — Яшки-Буксира и Мишки-Япончика. В ролях, в общем-то не выписанных авторами пьес и музыки, обрекающих исполнителя на одну-две краски. И тем не менее Водяной сумел выжать из этого скудного материала фигуры, ставшие культовыми. Он обозначал Одессита в представлении широких народных масс. Одесских артистов в годы Советской власти встречали в Москве и Душанбе, Вильнюсе и Таллинне, словно клонированных двойников его опереточных героев. В периоды гастролей своим оглушительным успехом театр музкомедии был обязан, прежде всего, Водяному. Водяной занимался и административной работой — он много лет возглавлял Одесское отделение Союза театральных деятелей, а в 1979-м стал худруком и директором родного театра, сменив известного режиссёра Матвея Ошеровского, занимавшего эту должность с 1962 по 1977 годы. Благодаря энергии и авторитету Михаила Водяного в Одессе было построено современное здание театра, куда и переехала оперетта (ул. Пантелеймоновская, 3). В кино снимался немного. Среди фильмов с участием Михаила Водяного: «Эскадра уходит на запад», «Инспектор уголовного розыска», «Опасный возраст», «Вольный ветер».

Михаил Водяной в фильме "Свадьба в Малиновке" Заметной стала роль Сосина в фильмах «Инспектор уголовного розыска» и «Будни уголовного розыска».

Михаил Водяной в фильме-спектакле "Белая акация"

Всенародную известность ему принесла роль Попандопуло в комедии «Свадьба в Малиновке». До этого он играл эту роль в спектакле. Многие фразы его героя стали крылатыми: "Гриша, и шо я в тебя такой влюбленный?!"; "Что смотришь? Деньги настоящие! Видишь, написано: "Министр финансов Попандопуло"? Бери, бери! Я себе еще нарисую"; "Хлопцы у нас абсолютно мировые. Форменные звери! Вроде меня"; "Чует мое сердце, что мы накануне грандиозного шухера"; "Я такой фасон не ношу! Я себя не обделил, по-честному?"; "Убери ножичек! Сделаешь дырку, потом не запломбируешь!"; "Ты наблюдал как эта врангельская морда била меня у морду?"; "Ты что делаешь, разбойник, своих грабишь! Гадский папа!"; "У пана-атамана нэма золотого запасу, я чувствую, что я скоро разбегусь в разные стороны".

Был женат на актрисе Маргарите Дёминой, с которой прожил 35 лет. Они вместе исполняли ведущие партии в спектаклях, вместе гастролировали с концертными программами. По инициативе Михаила Григорьевича в Одессе появилась улица Утёсова. Когда Михаилу Водяному предложили руководство театром, его жизнь превратилась в настоящий кошмар. Театр — специфический организм, где жестоко расплачиваются за провал и не прощают чужого успеха. Ненависть, как и дружба, объединяет, и вскоре в театре появилась группа людей, решивших избавиться от снискавшего народную любовь конкурента. В 1986 году в театре, в местной прессе, а затем и в «Литературной газете» развернулась травля Михаила Вассермана (Водяного). Энергичные завистники, а среди них были и ученики артиста, которым он дал путевку на сцену, при поддержке местных партийных чиновников встали на тропу войны с Мастером. Один за другим ползли слухи, обрастая невероятными подробностями, превращаясь в зловещий клубок. В отношении Михаила Григорьевича было возбуждено уголовное дело по статье 121 Уголовного кодекса УССР за развращение не достигших 16 лет. Окрыленные лозунгом «Даешь театр без Водяного!», завистники рассчитывали добить перенесшего второй инфаркт артиста, надеясь, что он растеряется под массированным напором «доказательств». Следователь особенно усердствовал, видимо, рассчитывая на повышение по службе. Один из дававших показания в защиту Водяного не сдержался: «Как вы можете целиться в сердце безоружного? Народ вам этого не простит!». Неожиданно дело стало разваливаться на глазах, «свидетельниц» и «пострадавших» выводили на чистую воду нестыковки его алиби с их «показаниями» и очные ставки с обвиняемым. Одна из истиц призналась во лжи, разрыдавшись прямо в зале суда. После того, как кампания по дискредитации пошла на убыль, здоровье его уже было сильно подорвано. Об этом громком скандале с горькой иронией говорится в статье «Шалунишка» из «Большого полутолкового словаря одесского языка». Так ласково именуется мужчина преклонных лет, свято уверовавший в слова песни «Не расстанусь с комсомолом, буду вечно молодым» и сохраняющий до конца жизни юношеский задор по отношению к прекрасному полу, едва успевшему вступить в период окончательного созревания. Именно по ложному обвинению в подобной шалости был затравлен и доведен до гробовой доски единственный в Одессе народный артист СССР М. Водяной. После смерти артиста выяснилось, что он регулярно шалил только на сцене. Ошибка была исправлена: на дом, где он жил прицепили мемориальную доску, оперетту назвали его именем и Водяному от этого на том свете тут же полегчало. В конце июля 1987 года Одесская музкомедия гастролировала в Киеве. На спектакль «Скрипач на крыше» — постановку знаменитого Бродвейского мюзикла, созданного на основе произведения Шолом-Алейхема «Тевье-молочник», билеты спрашивали ещё у метро.

Главную роль играл Водяной. Он шёл к ней двадцать лет. Его все время убеждали, что (при всем уважении к таланту) ему это играть не надо… Киев стоя приветствовал артиста на всех шести спектаклях. Это была его лучшая роль. Талант признанного комика неожиданно засверкал новой гранью — пронзительной и глубокой. Вместе с фатальным неудачником и добряком Тевье Водяной проживал на сцене сложную, во многом трагическую жизнь человека, который, несмотря на все удары судьбы, до конца оставался неисправимым оптимистом… Сердце, частицу которого он каждый вечер оставлял на сцене, не выдержало третьего инфаркта. «Скорая» определила сердечный приступ, но не распознала беду. 11 сентября 1987 года Михаил Водяной умер. Уголовное дело закрыли по ст. 6 п. 8 — в связи со смертью обвиняемого. Дело было закрыто по нереабилитирующим обстоятельствам: в постановлении следователя прокуратуры о прекращении производства по уголовному делу точно указано, какие именно уголовные деяния М. Вассермана были установлены следствием. Хотя здоровье Михаила Водяного было сильно подорвано в последние годы жизни, его смерть от сердечного приступа оказалась внезапной, в возрасте 62 лет.

Он похоронен в Одессе, на 2-м Христианском кладбище. При участии вдовы Михаила Григорьевича, народной артистки Украины Маргариты Дёминой, артисту воздвигнут необычный памятник.