В городе участились случаи пропажи пиццы из пиццерий дядюшки Карло.

Следствие пришло к тому, что это дело рук ниндзя коварного Шредера! На помощь отправляются Черепашки Ниндзя!
Журналистка Эприл, как ближайшая подруга Черепашек, решает помочь своим друзьям и отправляется на создание новой секретной группировки. Только пройдя определенные испытания, ребята принимаются в секретную команду и помогают Черепашкам Ниндзя рассекретить все ловушки Шредера.