Мерефа начиная с IV тысячелетие до н.э. и заканчивая событиями конца двадцатого века.
Территория города была заселена издавна. Около Мерефы обнаружены стоянка эпохи неолита (IV тысячелетие до н.э.), поселения и могильник эпохи поздней бронзы.
В урочище Подол (примыкающей к пойме местной реки) обнаружены остатки поселения салтовской культуры (VIII—X вв.).
По одной из версий возникновения Мерефы поселение основали в 1595 году казаки с берегов Днепра, на реке Мерефа (длина 25 вёрст) как хутор, который затем стал относительно крупной слободой. Доподлинно известно о том что в 1655 году в Мерефе уже имелся большой храм, а это говорит о том что поселение существовало не менее двух поколений жителей