Первым спин-оффом серии игр стала Pokémon Trading Card Game для Game Boy Color, виртуальная версия коллекционной карточной игры по «Покемону».

В 1999 году вышла Pokémon Snap для Nintendo 64, симулятор фотографа покемонов[12]. Далее, из побочных игр появилась Pokémon Pinball для Game Boy Color, вышедшая в июле 1999 года, — своеобразная вариация на тему пинбола, в которой была также возможность ловить покемонов и просматривать их данные в Покедексе. Чуть позже, в сентябре 2000 года, на прилавках появилась Pokémon Puzzle League — игра в жанре головоломки для Nintendo 64 с элементами, позаимствованными из «Тетриса»[19]. Помимо этого, для Nintendo 64 была издана Hey You, Pikachu! в жанре тамагочи, где игрок должен общаться с Пикачу при помощи специального микрофона, идущего в комплекте с игрой. В декабре 2000 года вышла Pokémon Puzzle Challenge для Game Boy Color, имеющая сходный геймплей с Puzzle League. В марте 2001 года появилось продолжение Trading Card Game Pokémon Card GB2: GR Dan Sanjou!, не изданное за пределами Японии[20].