Как понять, где штраф за стоп-линию, а где за проезд на красный?

Посмотрите на фиолетовый контур, он определяет границы двух этих наказаний.
Если вы заехали на зебру и двигаетесь далее, вам придёт штраф за проезд на красный. Если вы остановились перед зеброй на стоп-линии, получите штраф за стоп-линию
Во всяком случае так настроены камера в Самаре. В каждом регионе алгоритмы могут немного отличаться в зависимости от трактовки ПДД местной Госавтоинспекцией.