В третьем сезоне Винкс находятся перед лицом нового очень сильного и опасного врага — Валтора.

Валтор — древний маг, созданный тремя древними ведьмами из искры от пламени Великого Дракона. Валтор сражался против родителей Блум, но они из последних сил заключили его в измерении Омега. Валтору из Омеги помогают бежать Трикс, которые были брошены туда за их преступления.
В течение сезона Винкс получат окончательное превращение — силу Энчантикса. Феи Энчантикса
также обладают волшебной пыльцой, с помощью которой можно снимать тёмные заклинания, в дальнейшим это им очень пригождается. Каждая из Винкс пошла на самоотверженную жертву ради кого-то, за это получив Энчантикс. Только Блум добилась получения Энчантикса усилием воли.
Блум узнаёт, что когда-то Валтор сражался с её родителями по приказу древних ведьм и обманом победил их. Позднее Валтора победила Команда Света, в состав которой помимо родителей Блум входили Фарагонда, Гриффин и Саладин. Гриффин изначально была на стороне Валтора, но затем перешла на правую сторону и стала директрисой школы ведьм.
Винкс отправляются за Водными Звёздами, сила которых противоположна Огню Дракона, и её можно использовать, чтобы победить Валтора. Каждой из трёх фей, решивших пройти лабиринт, чтобы получить Водные Звёзды, пришлось пожертвовать чем-то очень дорогим для себя. Валтор насылает на Магикс силу четырёх стихий и забирает себе Водные Звёзды. Но Блум удалось открыть Ларец Агадора, где Валтор держал все свои заклинания. Три Древние Ведьмы разочаровались в Валторе и отобрали навсегда его человеческое обличие. Блум победила Валтора в ментальной битве. Трикс снова схватили и отправили в Светлый Камень.
Также в этом сезоне Лейла находит свою пару — это Набу, волшебник, за которого родители собирались силой выдать её замуж, однако позднее она поняла, что сама любит его. Блум продолжает поиски своих настоящих родителей.