В тревожные для Франции дни профессор по кафедре зоологии насекомых, червей и микроскопических животных трудился в Королевском ботаническом саду, реорганизованном в последствии революции в Музей естественной истории. Ученый руководил этой кафедрой 24 года, но страсть к науке начиналась с ботаники. Выпустив трёхтомный труд «Французская флора», Ламарк увлечённо взялся за изучение беспозвоночных животных.

Ламарк ввел в обращение два термина:

«Беспозвоночные» - в 1796 году ученый предложил дать это название изучаемому им классу.
«Биология» - ввел в обращение в 1802 году одновременно с немецким естествоиспытателем Готфридом Тревиранусом и независимо от него.

Самыми значимыми научными трудами Ламарка стал семитомный труд «Естественная история беспозвоночных», в котором он описал все их известные в то время роды и виды - (10) и книга «Философия зоологии», вышедшая в 1809 году. В ней он изложил свою теорию эволюции живого мира, а его ученики создали научную школу, дополняя идею естественного отбора Чарльза Дарвина «стремлением к прогрессу» в живой природе.