Одним из основных рабочих инструментов миссии является магнитометр.

Опубликованный NASA график демонстрирует, что когда «Вояджер-1» еще находился внутри гелиосферы, аппарат регистрировал значительные колебания магнитных полей. Они были вызваны солнечной активностью. Однако после того, как «Вояджер-1» вышел в межзвездное пространство, колебания прекратились. Измеряемая аппаратом сила магнитных полей почти не изменилась, однако Солнце больше не оказывает на них никакого влияния. По словам ученых, после того, как «Вояджер-2» вышел в межзвездное пространство, он зафиксировал аналогичный эффект.