Отец Амфилохий был утонченным человеком с твердым устремлением к христианскому совершенству, и октябрьский переворот 1917 года рассматривался им как масштабное для судеб Русской Церкви и Российского государства событие, которое неминуемо должно было привести к прекращению многих сторон деятельности как государства, так и Церкви. Мировоззрение, которое проповедовали новые власти, было настолько не связанным со всем историческим прошлым России и, в особенности, с православием, что его внедрение неминуемо должно было привести к перевороту всей жизни народа и стать для него величайшим несчастьем. Идеология социализма была такова, что при ее исповедании государством православие должно было исчезнуть. Осознание того, что в истории России открыта новая страница, поставило перед отцом Амфилохием вопрос о его собственной дальнейшей судьбе. Ему стало ясно, что всякая ученая и миссионерская деятельность будет прекращена; оставался, как в эпоху языческой империи, только личный подвиг и молитва, то есть то, что ни у кого и никогда невозможно отнять. В 1918 году иеромонах Амфилохий поселился в Успенском мужском монастыре неподалеку от Красноярска, где пробыл до февраля 1919 года, а затем с пятью монахами переехал на озеро Тиберкуль в Минусинском уезде; здесь ими был основан скит. 8 марта 1925 года Патриарх Тихон хиротонисал его во епископа Красноярского. В апреле того же года владыка Амфилохий прибыл в Красноярск, где выступил с обличениями обновленцев. В 1926 году он был арестован и приговорен к трем годам заключения в Соловецком концлагере. После освобождения заместитель Патриаршего Местоблюстителя митрополит Сергий (Страгородский) назначил его епископом Мелекесским, викарием Самарской епархии. В 1928 году епископ Амфилохий подал прошение и был митрополитом Сергием уволен на покой. Епископ Амфилохий в июле 1928 года прибыл в село Анжуль в Хакассии, где в то время жили монахини небольшого Матурского женского монастыря, к этому времени закрытого. И вскоре образовался монастырь из десяти человек во главе с епископом. В апреле 1931 года епископ Амфилохий был арестован и заключен в тюрьму. На вопрос следователя, почему он в Анжуле вел замкнутый образ жизни, владыка сказал: «Будучи уволенным на покой, я не имел права вмешиваться в церковную жизнь епархии, где был свой епископ... это было бы в церковном отношении антиканоничным. В Анжуле нас, монахов и монахинь, было десять человек, и жизнь наша была по существу монастырской. Какого-либо разрешения от властей мы не имели, потому что нам даже в голову не приходило, что нужно на это иметь разрешение». 29 июня следователь в последний раз допросил епископа. Владыка Амфилохий сказал: «В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю. Объясняю, что агитации не проводил, но не отрицаю, что я не сочувствую советской власти». 16 ноября 1931 года епископ был приговорен к пяти годам заключения в концлагере. В начале 1933 года лагерная администрация выдвинула против заключенного духовенства новые обвинения в связи со сведениями, что архиереи и священники, оказавшись в одном лагере и работая на одних шахтах, поддерживают дружеские отношения и помогают друг другу. Этот факт администрация лагеря посчитала достаточным доказательством наличия в лагере контрреволюционной организации. 28 апреля 1933 года власти арестовали епископа Амфилохия, и он был заключен в штрафной изолятор. На допросах мужественный епископ заявил следователям: «Ранее при допросах я утверждал, что являюсь противником советской власти и существующий строй моим убеждениям и идеям враждебен. Сейчас я снова заявляю, что советской власти и ее укладу я желаю падения, в этом нахожу возможность восстановления правильной духовной жизни народа. Эти взгляды я высказывал среди единомышленников, бывших вместе со мною в лагере. Влияние я оказывал исключительно духовного характера — быть в личной жизни терпеливыми, не роптать, быть покорными своей судьбе, усматривая во всем волю Божию». 28 января 1934 года Коллегия ОГПУ постановила увеличить срок наказания епископу Амфилохию на один год. 30 апреля 1937 года окончился срок заключения епископа, но его не освободили, 4 июня 1937 года на него было открыто новое дело. Администрация лагеря писала: «Учитывая, что у Скворцова кончается срок наказания и он из лагеря подлежит освобождению и что, будучи на воле, снова будет проводить контрреволюционную деятельность, заключенного Скворцова из лагеря не освобождать и немедленно приступить к следствию по его делу, предъявив ему обвинение». В тот же день епископу Амфилохию было предъявлено обвинение. Выслушав его, владыка отказался подписываться под ним, так как считал себя невиновным. «У вас при обыске изъяты деревянные дубовые дощечки. Расскажите, для какой цели вы их хранили», — спросил его следователь на допросе. «По освобождении из лагеря я хотел из этих дубовых плашек делать крестики, чтобы давать нуждающимся в них», — ответил епископ. «Значит, по освобождении из лагеря вы хотели нелегально распространять крестики, этим существовать и нелегально вести религиозную пропаганду?» — «Существовать за счет крестиков я не хотел и распространение их за преступление не считаю», — возразил владыка. 20 сентября 1937 года тройка УНКВД по Западно-Сибирскому краю приговорила епископа Амфилохия к расстрелу. Святитель был расстрелян 1 октября 1937 года и погребен в безвестной могиле. Православный журнал "Фома"