Озеро Зун-Торей имеет округлые очертания, слабую изрезанность береговой линии и лишь один остров, который при понижении уровня воды превращается в полуостров. Площадь водной поверхности Зун-Торея равна 285 кв.км., при максимальной глубине более 6,5 метров. Средняя глубина озера составляет 5,68 метра, а объем - 1,62 кб.км. Сообщается озеро с озером Барун-Торей двумя протоками длиной 200-300 метров и шириной около 100 метров, одна из которых носит название река Уточи. Озеро пополняется в основном за счет стока из Барун-Торея, так как водосборная площадь его мала и отсутствуют поверхностные притоки. После уравнивания водной поверхности в озерах направление течения в протоках меняется под действием ветра и других факторов. Склоны берегов преимущественно пологие. Дно озера илистое, на глубинах более 1,5 метров распространены вязкие или плотные глинистые илы.. Вода мутная, имеет серовато-белый цвет. Основная причина мутности воды - ветровое перемешивание и взмучивание тонких фракций ила. Воды озера гидрокарбонатно-хлоридно-натриевые. Химический состав воды в многолетнем разрезе меняется в зависимости от гидрологического режима озера. В годы наибольшего наполнения минерализация воды колеблется в пределах 1-1,5 г/л. По мере уменьшения объема воды концентрация солей увеличивается и достигает 17 г/л и более. Берега озера Зун-Торей открытые, практически лишенные растительности. Тростниковые заросли по берегам озера довольно разреженные, куртины тростника занимают 30-70% площади.