Вологодский кремль начал возводиться Иваном IV Грозным.

Планируемая территория была в 2,1 раза больше территории Московского Кремля. Закладка каменной крепости проходила под непосредственным досмотром царя 28 апреля 1565 года. Это событие впоследствии дало другое название Вологде – Насон-город, известное по песням и преданиям. Крепостные стены должны были оградить детинец (кремль) – новый городской центр, выбранный царем и не совпадавший с прежним центром города, – Ленивой площадкой, находящейся несколько выше по течению реки Вологды, на ее высоком правом берегу. Всеми градостроительными работами руководил один из выдающихся русских инженеров XVI века Размысл Петров.
На протяжении 1565 – 1571 годов Иван Грозный часто бывал в Вологде, наблюдая за сооружением крепости и каменного Успенского (Софийского) собора. Царь предполагал основать в Вологде хорошо укрепленную личную резиденцию, однако ликвидация опричнины, вероятно, изменила его планы, а кремль не был построен. Тот комплекс сооружений, который называется Вологодским кремлем, создавался в течение нескольких столетий, его разновременные постройки сильно отличаются друг от друга по своему виду, у них нет единого стиля.
В состав Вологодского кремлевского комплекса традиционно относят бывший Архиерейский дом,
благодаря его высоким крепостным стенам, неразрывно связанные с этими стенами Воскресенский собор и Софийскую колокольню. Стоящий на высоком берегу реки Вологды монументальный Софийский собор – первый каменный храм города, построенный при Иване Грозном, находится вне кремлевских стен, но исключить его из состава кремля было бы неправомерно: именно Софийский собор прежде и больше всего привлекает внимание посетителей кремля своей суровой, величественной красотой и монументальностью. В давно исчезнувшем первоначальном кремле Ивана Грозного собор появился намного раньше каменного двора архиереев, и в настоящее время главенствует над всем центральным городским ансамблем – Вологодским кремлем.