Основная проблема, связанная с яйцами, — это сальмонелла. Бактерия переносится курами, выделяясь с их калом. Если заражённые фекалии попадают на яичную скорлупу, то и возбудитель поселяется на ней, пытаясь проникнуть внутрь. Обычно ему это удаётся в течение 3–5 дней, и тогда яйцо становится заражённым, а значит опасным в сыром виде. Употребив такой продукт без термической обработки, человек рискует получить отравление, брюшной тиф, колит и прочие недуги, вызываемые сальмонеллой.  Если скорлупа яйца повреждена, то бактерии проникают внутрь сразу, так как у них нет необходимости пробивать путь через защитный слой. 

Сальмонеллы — бактерии, которые попадают в куриные яйца через помёт птиц.  Бактерия сальмонелла и является причиной различий в способе хранения яиц:  В США и России яйца подвергаются обработке ещё на фабрике — их обдают мыльным или специальным дезинфицирующим раствором, что позволяет избавиться от бактерий на скорлупе. Однако такой душ заодно и смывает часть защиты яйца — кутикулу — из-за чего продукт не может полноценно удерживать воду и кислород, а также становится более восприимчивым к прочим бактериям. Именно поэтому в этих странах яйца хранят исключительно в холодильнике — это позволяет не допускать заражения и сохранять годность в течение 90 дней. Аналогичный метод применяют в Японии, скандинавских странах и в Австралии.  В Европе используется другой подход — яйца на фабриках не моют, а с целью защиты от сальмонеллёза используют профилактическую вакцинацию птицы. Благодаря этому устраняется сам источник проблемы, а значит, яйца не заражаются. Однако комнатное хранение сказывается и на сроке годности — не более 25 суток.  Охлаждение яиц имеет свои минусы — при возвращении в комнатную температуру они могут потеть, из-за чего повышается риск появления плесени при дальнейшем хранении. К тому же яйца могут впитывать запахи, а таковых в холодильнике немало, что вполне может сказаться на вкусе и аромате готового блюда впоследствии. Однако нельзя игнорировать явные плюсы — более длительный срок хранения и препятствие росту патогенных микроорганизмов, если они всё-таки попали в продукт. 

В магазинах яйца часто стоят не в холодильнике с целью предотвращения перепадов температуры после покупки и минимизации риска появления плесени.  В целом хранить яйца без холодильника можно, но только если есть уверенность в том, что они получены от здоровых кур и не мылись ранее. Обычно без обработки продаются фермерские продукты, но тут стоит отдавать предпочтение исключительно проверенным продавцам. Плюсом хранения при комнатной температуре является возможность использования в выпечке — в рецептах часто указывается, что продукт должен быть не холодным. К тому же многие утверждают, что яйца, которые не были в холодильнике, более вкусные.  Помните важное правило — если яйцо, особенно немытое, уже попало в холодильник, то доставать его стоит исключительно перед использованием.  Яйца можно хранить без холодильника, но не более 3 недель после снесения и только при условии уверенности в здоровье кур и в отсутствии мытья. В странах Европы птиц вакцинируют от сальмонеллёза, поэтому там и принято хранить яйца при комнатной температуре. А вот обработанные яйца в США и России лучше поместить в холод, получив дополнительный плюс — долгое хранение.