Музей антропологии и этнографии появился в начале XVIII века благодаря первому российскому императору. Пётр I мечтал видеть Россию процветающей страной и многое для этого делал. Во время второго посещения Нидерландов русский царь задумал собственный проект и стал собирать коллекцию экспонатов для музея редкостей.
Создание постоянной экспозиции Кунсткамеры началось с распоряжения Петра I перевезти в Санкт Петербург свою библиотеку. Также в фонд музея из Аптекарской канцелярии передали книги и анатомические препараты. Канцелярия отвечала за медицинское дело в стране. Музей антропологии и этнографии был создан на базе петровской библиотеки в 1714 году. В нём стали собирать коллекцию редкостей, имеющих научную, историческую и этнографическую ценность.
После создания Российской академии наук в 1724 году Кунсткамера перешла в подчинение ведомства. Учёные стали систематизировать экспонаты, изучать и пополнять фонды. В работах принимал участие и М. В. Ломоносов, который составил описание музейной коллекции минералов.
Кунсткамера на долгие годы стала научной базой Академии наук и в то же время осталась культурно-просветительским учреждением. Музей антропологии и этнографии в начале своей истории был общедоступным для всех желающих. Для активного пополнения экспозиции Пётр I издал указ: за деньги в Кунсткамеру принимали всё, что было «зело старо и необыкновенно».
В советские времена на базе музея функционировал Институт этнологии и антропологии имени Н. Н. Миклухо Маклая. С 1992 года Кунсткамера вновь стала музеем. На сегодняшний день Кунсткамера работает также как научно-исследовательский центр Академии наук, где изучается культурное наследие народов России.