В чем правильный смысл маркировки пакетов как установленных в ручную или автоматически.

В том что например если я удалю пакет отмеченый как установленный руками то потом autoremove не очистит ненужные пакеты по зависимостям к удаленному? Или был случай при апгрейде выдает снести пол системы, похоже из за того что в обновленной репе какойто там пакетик не обновился а у тебя он входит в мета пакет и отмеченый как установленный автоматически и получается по зависимостям он не проходит и отмечается весь метапакет к удалению? Например xorg или gnome, система обновляется но уже без твоего любимого гнома или ты ждешь кучу света а тебя встречает приглашение в консоли
#AptMark