В рунете очень популярен формат книг FB2.

Но многие устройства, включая iPhone и iPad, не читают его из коробки. Для них больше подходит EPUB. Если вы столкнулись с проблемой совместимости форматов, любой из этих сайтов поможет её решить: http://okl.lt/cgtLQ