Иоанн III брал из монастыря икону Димитрия Прилуцкого, написанную Дионисием, когда шел в поход на Казань в 1503 году. После похода он украсил икону золотом и серебром. В монастыре хранится современная копия этой иконы. Василий III с женой Еленой Глинской посетили Спасо-Прилуцкий монастырь в 1528 году во время паломничества по русским монастырям. Иоанн IV брал в поход на Казань в 1552 году Киликиевский крест из Спасо-Прилуцкого монастыря. Крест запрестольный деревянный, высотой 140 см, восьмиконечный, украшенный многими резными изображениями из белой кости, покрытый серебряной позолоченной басмой. Историки связывали его происхождение с древней Киликией (Малая Азия). Крест сейчас хранится в Вологодском музее. Как указывает историк С.М. Соловьев в «Истории России с древнейших времен», Димитрий Прилуцкий построил свою обитель «на многих путях, которые шли от Вологды до Северного океана». Уже в XVI веке Спасо-Прилуцкий монастырь становится одним из богатых и известных монастырей на Севере России

1918 год начался в монастыре обыском и описью имущества; часть зданий были заняты красноармейцами и складами. Однако еще нескольких лет после этого в Спасском соборе совершались богослужения, действовала часовня в селе Прилуки. Чтобы избежать осквернения национализированных храмов, расхищения богослужебной утвари, книг и святых икон, настоятель организовал при монастыре церковную общину из местных жителей. В 1919 году началось изъятие из монастырских храмов церковной утвари и убранства икон для сдачи в Госфонд, в помощь голодающим Поволжья, продолжавшееся до 1923 года. В августе 1924 года монастырь был закрыт, договор с общиной расторгнут, храмы и колокольни опечатаны. Церковное имущество передали в Вологодский музей, а все остальное – различным учреждениям. С середины 20-х гг. ХХ века все монастырские храмы пребывали в запустении, во Введенской церкви после разборки купола, в 1927–1928 годах, был устроен кино-клуб, буфет, разыгрывались спектакли. Жилые и хозяйственные здания занимали дом инвалидов, пересыльная тюрьма, военные склады и филиал Вологодского музея. В день памяти преподобного Димитрия, 24 февраля 1992 года, Русской Православной Церкви возвращен весь монастырь. В 1992 году отмечалось 600-летие преставления преподобного Димитрия Прилуцкого. 13–14 августа Прилуцкий монастырь посетил и возглавил торжество Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. На престольный праздник Всемилостивого Спаса Святейший совершил Всенощное Бдение и Божественную Литургию в нижнем храме Спасского собора, водосвятный молебен на реке Вологде, возглавил Крестный ход вокруг обители, после чего был освящен первый большой колокол на монастырской колокольне. В последнее десятилетие ХХ века молитвами преподобного Димитрия после проведенных ремонтов обитель начала благоукрашаться. В храмах устроены иконостасы, освящены надвратная церковь в честь Вознесения Господня, придел в честь преподобного Сергия Радонежского в нижнем храме, верхний соборный храм в честь Всемилостивого Спаса и Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня. На древних постройках монастыря и крепостных стенах и башнях сделали медные и железные кровли, началось восстановление и реставрация монастырского подворья в Вологде – храма преподобного Димитрия Прилуцкого на Наволоке (ул.Набережная VI армии, 121). Рассказывая о прошлом и настоящем Спасо-Прилуцкого Димитриева монастыря, вспомним слова Святейшего Патриарха Алексия II: «Мир приходит к стенам обителей, пытаясь найти там духовную поддержку, и монастыри наши своим молитвенным подвигом и доброделанием исцеляют душу народа. Дай Бог, чтобы возрождались святые обители по всему лицу земли нашей, ведь «молитвами иноков Господь содержит мир сей».