Лечебный факультет был создан в октябре 1955 года.

В настоящей момент в подчинении факультета находятся 14 кафедр. Они в основном кафедры на базе административного здания и клиники института. Кафедра акушерства и гинекологии находится в областном родильном комплексе, кафедры №2 ВОП, травматологии и ортопедии расположены в областном НИЦ скорой помощи. В состав лечебного факультета входят отделения ВКС и медицинской педагогики.
В настоящее время на лечебном факультете 120 профессора- преподавателей на 1700 студентов. Из них 22 доктора наук, профессора, 74 кандидаты наук и доценты.
Научный уровень профессорско-преподавательского состава факультета превышает 70% и является одним из высоких показателей среди медицинских институтов Республики.
Первым деканом лечебного факультета был академик К.А. Зуфаров. В то время при факультете насчитывалось 10 кафедр и 120 студентов, со временем их число увеличивалось.
В 1957 году на место декана лечебного факультета был назначен заведующей кафедры биохимии доцент М.Г. Мирзакаримов.
Число студентов достигло 470. Работали 2 заместителя декана.
Они сделали значимую работу не только улучшения учебного процесса, посещения, успеваемости но и в обеспечения специальной литературой студентов. В 1970 году на место декана факультета был назначен заведующий кафедры инфекционных болезней, профессор К.М. Мирзаев своей активностью, знаниями, работоспособностью в нёс свой вклад в развитии факультета.
Профессор К.М. Мирзаев сделал благие дела не только на уровне факультета, но и на уровне института, вилояте, и непосредственно Республики.
В 1984-1985 гг. руководил факультетом заведующий кафедрой кожных и венерических болезней, профессор Ш.А. Хамидов а в период 1986-1988 годов на это место был назначен доцент С.Х. Мадаминов. 1988-1996 гг. деканом факультета работал молодой, эрудированный, энергичный доцент и в дальнейшем профессор, заведующий кафедры травматологии, ортопедии и нейрохирургии, М.Н. Курбонов. Он своей организаторской и активной работой быстро завоевал авторитет среди коллектива и студенчетво. В 1996 году на этот пост был назначен заведующий кафедры нормальный физиологии профессор Ш.К. Кадыров.
В 1997-1999 гг. деканом факультета успешно работал профессор кафедры хирургии 6-7 курсов Г.М. Хаджиматов, в 1999 году на место декана факультета был назначен профессор кафедры хирургии 6-7 курсов А.К. Батыров. В период его управления число студентов учащихся на контрактной основе стремительно выросло, заметно улучшались лекционные и практические занятие вследствие чего уровень знаний студентов лечебного факультета поднялась на новый уровень. Студентов лечебного факультета участвуясь в различных научных олимпиадах заняли почетные места.
Заведующий кафедры травматологии, ортопедии и ВПХ профессор К.Т. Худайбердиев работавший деканом 2005 году, выделялся своей требовательностью и работоспособностью. С декабря 2005 года по 2008 года на этом посту работал д.м.н. А.М. Мехмонов. С 2009 года по настоящее время деканом факультете является профессор Х.Т. Мусашайхов. Он успешно руководствует во внедрение новых систем в учебный процесс, исходит от требований нынешнего дня. В настоящий день на факультете работают заместителями декана- доцент кафедры общей хирургии- к.м.н. Х.М. Мамадиев, ассистент кафедры факультетной терапии к.м.н.- Б.М. Вахобов, ассистент кафедры гематологии к.м.н.- А.Б. Тошбоев, ассистент кафедры оториноларингологии к.м.н.- М.М. Мирзакаримов, доцент кафедры №2 ВОП Д.М. Каландаров.
Известные на всю Республику профессорско-преподавательский состав факультета ведут эффективную работу в укрепление и охране здоровья работников Андижанского, Ферганского и Наманганского вилоятов. Для эффективного обучения студентов факультета внедряются современные учебно-педагогические технологии в процессе обучения. В 2007 году в институте был установлен телемост с ведущими учебными и лечебными учреждениями г. Москвы и других зарубежных стран. Что позволяло существенно улучшить учебно-педагогические, консультативно- лечебных работ.
В 2003 году число специализированных магистратур достигло до десяти. В том числе по специальностям акушерство и гинекологии, кардиологии, хирургии, педиатрии, психиатрии, онкологии, детских инфекционных заболеваний, детской хирургии, нейрохирургии и терапии.
В 2009-2010 учебном году на факультете насчитывался 1615 студентов. Из них девушки составляет 528. На бюджетный основе учится 512 (153 девушек) студенток. На контрактной основе учится 1103 (375 девушек) студенток. При факультете обучаются 3 осиротевших и инвалида и 63 студентов прошедших военную службу.