Тема масти представляет большой интерес для коневодов. Цвет шерсти может существенно увеличить товарность лошади, так как покупатель часто готов заплатить больше за лошадь с необычной мастью. Это привело к увеличению числа селекционеров, желающих включить цвет шерсти в свою программу разведения. Однако, цвет не должен быть единственной целью программы разведения. Желание добавить конкретный ген цвета часто приводит к тому, что заводчики концентрируются только на нем, забывая о других характеристиках животного. Кроме того, определенные масти или "рисунки" на шерсти связаны со здоровьем. Например, у изабелловых лошадей ахалтекинской породы (?) чаще, чем у других, встречается так называемый Naked Foal Syndrome (Синдром голых жеребят), когда у жеребенка отсутствует шерсть. Лошади с таким синдромом умирают в возрасте от нескольких недель до трёх лет.

Одной из проблемных мастей считается пегая оверо. Когда жеребёнок имеет сразу два таких гена, полученных от родителей, то у него присутствует Overo Lethal White Foal Syndrome (Летальный синдром оверо). Основные проблемы: не функционирующая толстая кишка, меконий отсутствует, колики, со смертельным исходом в течение от нескольких часов до нескольких дней.

Другим примером гена мастей, связанного со здоровьем, является ген Silver, отвечающий за серебристые масти. Основная проблема у этих лошадей - дефект глаз: генетическая аномалия переднего сегмента глаза, которая вызывает развитие кист, деформированных зрачков и дефектов радужки, роговицы и хрусталика.

Существует большое количество исследований, связанных с заболеваниями, вызванными мастью животного. Пешие и чубарые лошади иногда подвержены ночной слепоте, а серые лошади имеют высокий риск развития меланомы кожи. Поэтому заводчикам лошадей просто необходимо тестировать своих животных, чтобы в дальнейшем получать только здоровое потомство.