Башкирская лошадь весьма древнего происхождения.

В хозяйственном укладе кочевников-башкир лошадь издавна имела большое значение, ее использовали как средство транспорта (главным образом под верх) и как продуктивное животное, поставляющее населению продукты питания - мясо, кумыс и предметы обихода - кожу и конский волос. Башкиры, появившиеся на современной территории Башкирии в VII-VIII веке, описываются историками как народ, хорошо знакомый с коневодством. Коневодство у башкиров, так же как и у других народов, населявших в те отдаленные времена смежные с Башкирией территории (хазары, волжско-камские болгары, сибирские татары, узбеки и др.), достигло значительного развития задолго до появления на исторической арене монголов. Поэтому отнесение башкирской лошади к так называемому "монгольскому корню" (как это делается в ряде работ по коневодству) недостаточно обосновано.
Основой для выведения башкирской лошади послужили степные лошади Западной Азии, родственные лошадям других народов тюркского происхождения, остатки которых встречаются в древних захоронениях на огромной территории от Красноярского края до Волги.
В результате скрещивания с лесными лошадьми, которые имели распространение к северу от Башкирии, а также под влиянием условий лесостепного ландшафта башкирская лошадь, степная по происхождению, приобрела некоторые черты лошадей лесного типа. Она отличается от своих степных сородичей более грубой конституцией и по телосложению приближается к упряжному типу. Тем не менее по своим биологическим особенностям башкирская лошадь стоит ближе к степным лошадям, нежели к лесным, потому что степи и их растительность имели решающее значение для развития башкирской породы, обусловливая возможность пастбищного содержания лошадей в зимний период.