Степан Фёдорович Колесников родился 11 (23) июля 1879 года в селе Адрианополь Славяносербского уезда Екатеринославской губернии Российской Империи в семье крестьянина Фёдора Колесникова. Интересно, что У Степана Фёдоровича Клесникова был младший брат Иван, который впоследствии тоже стал известным художником - живописцем и графиком. Первые уроки живописи, еще будучи мальчиком, Степан Колесников получал у заезжих художников, рано проявив свой художественный талант. В 1896, когда парню исполнилось 16, его рисунки были представлены на Всероссийской выставке в Нижнем Новгороде, благодаря чему будущий художник получил награду от земской управы — это была стипендия для получения художественного образования. Уже через год юноша смог поступить в Одесское художественное училище, которое в то время являлось одним из лучших средних учебных заведений в России.

В училище Колесников обучался у Ладыженского и Констанди, а также завёл крепкую дружбу с будущими художниками, классиками советской живописи Исааком Бродским, Митрофаном Мартыщенко (Грековым), и классиком русского авангарда Давидом Бурлюком. По окончании Одесского училища в 1903 Степан поступил в Императорскую Академию Художеств (ИАХ) в Санкт-Петербурге, где черпал знания у великих мастеров — Киселёва, Репина, Маковского, Куинджи. В 1905 обучение в академии было приостановлено из-за революционных волнений того года, и художник на это время вместе с друзьями из училища уехал на этюды в родовое имение Давида Давидовича Бурлюка. ИАХ Степан Фёдорович в 1909 всё-таки окончил. Окончил его с успехом, в звании художника и с правом на заграничную командировку. Дипломная работа «Весна» словно бы подытоживала его же многочисленные учебные пейзажи, которые молодой академист привозил из частых поездок на юг России, в Бессарабию, на Балканы и в Карпаты.

Право на заграничную поездку молодой художник получил за конкурсную картину «В старой усадьбе». Во время этой поездки он посетил не только Германию, но и Францию, Бельгию, Италию. Уже с 1910 года Колесников начинает бурную выставочную деятельность, в том числе и международную — Мюнхен, Рим, Венеция... В 1912 году Степан Фёдорович посещает Азию, Туркменистан и Монголию, откуда возвращается с огромным количеством работ, представленных впоследствии на двух выставках в Санкт-Петербурге. Большинство картин было распродано по музеям и частным коллекциям. Любители высокого искусства, не обладавшие достаточными средствами, могли довольствоваться репродукциями в расходившемся по всей России журнале «Нива». Кроме того, в этой поездке, а точнее сказать, целой двухлетней экспедиции, художник с коллегами проводил этнографические и археологические изыскания. В 1914 Степану Колесникову было присвоено звание академика живописи.

Живопись Степана Колесникова необычна и далека от академизма. На его полотнах редко можно увидеть чётко выписанные лица персонажей. Любимые цвета — голубой или ярко-оранжевый, любимая тема художника — состояние южнорусской природы во времена её бурного пробуждения (таяния снегов, половодий, весёлых весенних дней). С удовольствием он писал и бытовые композиции, населённые людьми и домашними животными. На дальнейшую судьбу живописца повлияли революционные события 1917 года — в 1919 семья Колесниковых по Военно-Грузинской дороге через Турцию перебралась сначала в Грецию, а затем в Сербию, в Белград, купив небольшой дом недалеко от центра города на улице Князя Павла. В январе 1922 белградцы уже смогли посетить выставку картин живописца, где экспонировались полотна под незатейливыми названиями («Село Всехсвятское», «Базарный день на Волге», «Разлив», «Помидоры», «Тает снег») и портреты (например г-жи Юреневой). На обозрение публики также были выставлены и картины иного характера: «Тайная Вечеря», полотна с изображениями святых в полный рост для церкви в Летнаваце (арх. Андросов), в 80 км от Белграда.

В сербский период Степан Фёдорович стал профессором Белградской академии искусств, организовал несколько персональных выставок в разных странах Европы, иногда выполнял работы на заказ — к примеру, им был расписан плафон зрительного зала Оперного театра Белграда. Находясь в Сербии, Колесников вёл переписку со своим другом Ильёй Репиным. Вот выдержка из одного из писем: " Дорогой Степан, простите, забыл Вас по отчеству. Всё утро сегодня наслаждаюсь фотографиями Ваших работ, сейчас только ушёл Юра; с ним опять при сильной, хорошей лампе вновь рассматривали всю вашу выставку. О! Какой Вы превосходный художник. Очень, очень благодарю Вас и за письмо Ваше такое доброе, ласковое, и за фотографии. Юра особенно со стороны лошадей, да и я лошадь люблю, и мы — просто пируем! Спасибо! Спасибо! И я не знал, как благодарить Ивана Степановича Майковича! Какой, однако, он поэт. Но тут начинается моё огорчение: ведь я не знаю языка! А сколько даёт Сербия! Да здравствует! Да здравствует!.. Ваш старый товарищ, очень старый Илья Репин."

Очередную выставку, носившую разножанровый характер, проходившую в 1925 году, посетила сербская королевская чета. На ней были представлен картины, сюжеты которых связаны с недавним боевым прошлым сербов, например полотна: «За отечество на Каймак-Чалане», «На дороге Сараево — Мостар», «У Прилепа», «Осень около Лукова» (близ Заечара). Кроме того, на ней присутствовали среднеазиатские воспоминания мастера («Тигр в горах Тяншана», «Туркестанские сарты», «В Туркестане») и картины посвящённые ушедшей России («Соперницы» — сцена из малороссийской жизни, «Водяная мельница», «Утром», «Рыбак», «Курская губерния», «В Виленской губернии», «У церковной ограды»). За живописные полотна мастера в то время боролись все «лучшие» белградские дома, соответственно многократно поднялась и цена на них.

В 1930-е годы художником была применена интересная живописная техника: используя эффект основы (тонированной лилово-серой бумаги) он мастерски научился передавать сгущающиеся сумерки и лунный свет, тем самым продолжив традицию российского пейзажа, восходящую к А.И.Куинджи. Увлекшись работой с бумажной основой, художник пошёл дальше, став смешивать гуашь и темперу с пастелью, чем смог добиваться эффекта бархатистой, мягкой фактуры красочной поверхности и по-своему разрабатывая декоративный строй панно. Отказавшись от иллюзорности традиционного реалистического пейзажа, живописец стал создавать в мастерской своего рода образы-воспоминания. Степан Фёдорович Колесников женился ещё во время своего обучения в Одесском училище, в 1899 году на дочери греческого помещика Ирине Фёдоровне Попандопуло, «отбив» её у своего друга Грекова. В январе 1901 у них родилась дочь Люба.

В 1935 году, после одной из серьёзных ссор, Колесников навсегда ушёл из семьи, оставив своих родных в тяжёлом материальном положении. Началась распродажа картин, но это не принесло избавления. В 1938, после тяжелой болезни, умерла Ирина Фёдоровна, а во время Второй Мировой Войны немцами был арестован сын Колесникова Фёдор, вскоре после освобождения покончивший с собой.

Сам Степан Фёдорович, после развода, женился на русской эмигрантке Марии Григорьевне (фамилия не известна).

Последние 12 лет жизни художника мучила болезнь Паркинсона. Не имея возможности работать, он был вынужден нанять двух молодых художников, которые по очень общим наброскам выполняли живописные работы, а сам Колесников уже после добавлял некоторые детали и подписывал их. Степан Фёдорович Колесников скончался в мае 1955 года. Похоронен на Новом кладбище в Белграде, неподалёку от Иверской часовни.