Во время великого гонения на христиан при тетрархе Максимиане святой был схвачен в Никомидии, своем родном городе, и вместе с несколькими христианами направлен во Фракию (римскую провинцию), где должен был состояться суд. Некоторые из мучеников так истерзались, что не могли продолжать путь. Было принято решение казнить их на месте. Агафоник Никомидийский выдержал долгий путь и был приговорен императором к смертной казни, которую принял с молитвой на устах в городе Силиврия.