Башкирский государственный природный заповедник расположен в Республике Башкортостан, на отрогах Южного Урала.

Заповедник был организован 11 июля 1930 года. Площадь - 49 609 гектаров.
В 1951 году решением Совета Министров Башкирской АССР заповедник был ликвидирован, а на его территории организован лесхоз: началась интенсивная эксплуатация леса.
Только в ноябре 1958 года первый заповедник Башкирии был восстановлен. До 1986 года заповедник состоял из 3 участков: Урал-Тау, Южного Крака и Прибельского. Последний в 1986 году преобразован в самостоятельный заповедник - Шульган-Таш.
В 2006 году усилиями студентов и сотрудников МГУ им. М. В. Ломоносова (кафедры картографии и геоинформатики) и ИТЦ «СканЭкс» разработана карта природных территориальных комплексов территории заповедника.