Создание института представителей Ставки ВГК способствовало повышению эффективности стратегического руководства. Верховное Главнокомандование имело возможность на месте согласовывать усилия и поддерживать тесное взаимодействие между фронтами, видами Вооруженных сил, родами войск и партизанскими формированиями, рациональнее использовать их в проводимых операциях. Институт представителей Ставки ВГК просуществовал почти до конца войны. Лишь в заключительных операциях в связи со значительным сокращением фронта и уменьшением численности фронтовых объединений надобность в нем отпала. Для руководства формированием резервов, подготовки маршевого пополнения, руководства запасными и учебными частями 29 июня 1941 года в народном комиссариате обороны было создано Главное управление формирования и укомплектования войск (Главупраформ). Его возглавил заместитель народного комиссара обороны Маршал Советского Союза Г. И. Кулик, но 6 августа того же года его сменил Е. А. Щаденко. О масштабности деятельности этого органа управления свидетельствует тот факт, что только в 1941 году им было сформировано 286 стрелковых дивизий, более 500 бригад. Создание такого органа управления позволило Верховному Главнокомандованию оперативно решать вопросы подготовки маршевых пополнений и создания резервов для действующей армии. С началом Великой Отечественной войны в стране широко развернулось всеобщее военное обучение трудящихся без отрыва от производства и в школах. В сентябре 1941 года решением ГКО было введено всеобщее обязательное военное обучение мужчин в возрасте от 16 до 50 лет по 110-часовой программе. Для централизованного руководства этим видом военной подготовки 17 сентября 1941 года в составе Народного комиссариата обороны было создано Главное управление всеобщего военного обучения (ГУВВО). В военных округах, республиканских, краевых и областных военных комиссариатах образуются отделы всеобщего военного обучения. Эти меры обеспечили непрерывное пополнение действующей армии подготовленными людскими ресурсами. Для координации работы Тыла Вооруженных Сил было образовано Главное управление Тыла, а также учреждена должность начальника Тыла Красной Армии со штабом Тыла с подчинением его непосредственно Верховному Главнокомандующему. На протяжении всей войны начальником Тыла был генерал А. В. Хрулев. 16 июля 1941 года с целью укрепления боевой мощи армии и флота, повышения уровня организаторской и идеологической работы в Вооруженных силах был введен институт военных комиссаров. Одновременно органы политической пропаганды реорганизуются в политические органы – Главное политическое управление Рабоче-Крестьянской Красной Армии (ГлавПУ РККА) и Главное политическое управление Военно-Морского Флота (ГлавПУ ВМФ). Были расширены полномочия политорганов – они стали руководить как политико-массовой, так и организационно-партийной работой в войсках и на флоте. Эти меры позволили активизировать деятельность политорганов по обеспечению выполнения приказов и директив Ставки ВГК, повысить их роль в решении боевых задач, улучшить руководство партийными и комсомольскими организациями. В связи с расширением масштабов вооруженной борьбы, увеличением количества соединений и частей видов Вооруженных сил и родов войск в действующей армии и необходимостью их более эффективного применения в ходе боевых действий были учреждены должности командующих видами и родами войск с соответствующими органами управления – военными советами и штабами: начальника, а с ноября 1942 года – командующего артиллерией Красной Армии, командующих гвардейскими минометными частями, бронетанковыми и механизированными войсками, Военно-воздушными силами, войсками противовоздушной обороны, авиацией дальнего действия, воздушно-десантными войсками с подчинением их непосредственно Ставке ВГК, а также начальника инженерных войск.

Некоторые командующие были возведены в ранг заместителей народного комиссара обороны, однако в 1943 году были его лишены. К тому времени у наркома насчитывалось уже около двух десятков заместителей, что стало создавать трудности в деятельности наркомата. В результате у народного комиссара обороны осталось лишь два заместителя – Маршалы Советского Союза Г. К. Жуков и А. М. Василевский. Уже в первом периоде войны широко развернулось народное сопротивление врагу на оккупированной территории страны. Размах этого всенародного движения был огромным. Так, только летом и осенью 1942 года в период ожесточенных боев за Кавказ и Сталинград немецко-фашистское командование вынуждено было использовать до 25 дивизий для охраны своих тылов и борьбы с партизанами. Однако централизованное управление борьбой советских людей в тылу врага было налажено не сразу, а по мере ее развертывания. Начало централизации руководства партизанским движением было положено постановлением Государственного Комитета Обороны от 30 мая 1942 года. В соответствии с этим постановлением при Ставке ВГК был создан Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД). Его возглавил член ЦК ВКП(б), первый секретарь ЦК КП(б) Белоруссии П. К. Пономаренко. Штаб устанавливал связь с партизанскими формированиями, координировал их деятельность, снабжал партизан оружием, боеприпасами, медикаментами, готовил кадры, осуществлял взаимодействие партизанских формирований с регулярными частями Красной Армии. Для непосредственного руководства партизанскими отрядами при Военных Советах фронтов создавались штабы партизанского движения: Украинский, Брянский, Западный, Калининский, Ленинградский и Карело-Финский. 6 сентября 1942 года в целях дальнейшего развертывания партизанского движения и повышения его эффективности была учреждена должность Главнокомандующего партизанским движением. На этот пост был назначен член Политбюро ЦК ВКП(б), член ГКО и Ставки ВГК Маршал Советского Союза К. Е. Ворошилов. Ему подчинялся Центральный штаб партизанского движения. Вскоре в соответствии с постановлением ГКО от 28 сентября 1942 года были переформированы штабы партизанского движения, действовавшие при Военных советах фронтов. Они были преобразованы в представительства ЦШПД на фронтах, а их руководители введены в состав Военных советов фронтов. Главной задачей борьбы партизан ГКО определил дезорганизацию тыла противника. Предпринятые меры позволили преодолеть раздробленность, царившую в партизанском движении и снижавшую его эффективность. Правда, в начале марта 1943 года Центральный штаб партизанского движения был расформирован, а руководство действиями партизан возлагалось на Центральные Комитеты компартий союзных республик и обкомы ВКП(б). Но ошибочность такого решения практически сразу же стала очевидной, и уже в апреле штаб был восстановлен. С самого начала войны быстро менявшаяся оперативно-стратегическая обстановка на флангах советско-германского фронта потребовала тесного взаимодействия между флотами и действовавшими на приморских направлениях войсками фронтов. Первоначально флоты и флотилии с этой целью передавались в оперативное подчинение фронтам. Однако их командующие часто не уделяли должного внимания выполнению флотами самостоятельных задач на морских театрах, не всегда полно ориентировали флоты об общих задачах и перспективах их деятельности. В связи с этим, а также ввиду усложнения обстановки на море возникла потребность в коренном улучшении оперативно-стратегического руководства силами флотов. Директивой Ставки ВГК от 31 марта 1944 года была учреждена должность Главнокомандующего Военно-Морскими Силами СССР. На эту должность был назначен народный комиссар ВМФ Адмирал Флота Н. Г. Кузнецов. Этой же директивой Балтийский флот оставался в оперативном подчинении Ленинградского фронта, а Северный и Черноморский флоты подчинены непосредственно Главнокомандующему ВМС. В директиве указывалось, что впредь задачи флотам будет ставить непосредственно Ставка ВГК. Отныне использование морской авиации в интересах сухопутных войск допускалось лишь в исключительных случаях и только с разрешения Ставки. За оборону побережья на приморских направлениях ответственность возлагалась на командующих фронтами, одновременно определялась степень участия и ответственности флотов в решении этих задач. Впредь командующим фронтами запрещалось вмешиваться в тактические морские вопросы и внутреннюю службу переданных им в оперативное подчинение флотов. Новая система руководства Военно-морскими силами предоставляла военно-морскому руководству больше самостоятельности, что позволило успешнее решать задачи разгрома противника на море. Основным содержанием деятельности Ставки ВГК явилось планирование операций, подготовка войск и управление ими в ходе боевых действий, а также обеспечение их боеспособности, создание и использование резервов осуществление контроля и помощи командованию фронтов и флотов.

В начале войны советские Вооруженные силы должны были действовать по довоенным оперативным планам. Ими предусматривалось ведение оборонительных сражений в течение трех-четырех недель войсками прикрытия, а затем, с вводом в сражение вторых эшелонов приграничных фронтов и подошедших стратегических резервов, предполагалось перейти в контрнаступление. Но обстановка, сложившаяся на фронтах, не позволила реализовать эти планы. Стратегическая инициатива целиком находилась в руках немецких войск. В этих условиях вопреки принятой в предвоенный период военной доктрине советское военное руководство вынуждено было принять решение о переходе к стратегической обороне. По мере стабилизации фронта, реорганизации системы стратегического руководства совершенствовалось управление войсками. Планирование операций стало характеризоваться более согласованными усилиями Ставки ВГК, Генерального штаба и штабов фронтов. Особенностью стратегического руководства вооруженной борьбой явилось сочетание коллегиальности в выработке решений с единоличной ответственностью за претворение их в жизнь. Планы кампаний принимались на совместных заседаниях Политбюро ЦК ВКП(б), ГКО и Ставки ВГК. В дальнейшей работе по подготовке операций самое активное участие принимали командующие фронтами, видами Вооруженных сил и родов войск. Все это позволяло рассматривать вопросы глубоко и всесторонне, вырабатывать целесообразные решения, оперативно проводить их в жизнь. Однако к этому Ставка ВГК пришла не сразу. В первом периоде войны и особенно в первые ее месяцы принцип коллегиальности практически не соблюдался. Но по мере приобретения опыта складывалась относительно стройная система подготовки и принятия как принципиальных долгосрочных, так и частных текущих решений. Были выработаны и освоены четкие принципы стратегического планирования, разработки замыслов и планов военных кампаний, стратегических и фронтовых операций. Ставка ВГК и Генеральный штаб последовательно переходили от решения отдельных неотложных стратегических задач распорядительным порядком к заблаговременному планированию операций фронтов, потом стратегических операций групп фронтов и, наконец, военных кампаний. Показателем возросшего уровня руководства советскими Вооруженными силами являлась конкретность и целеустремленность планов военных кампаний второго и третьего периодов войны. В отличие от первого периода, кампании которого проводились без четко выраженного плана, последующие кампании разрабатывались заблаговременно на основе глубокого и всестороннего анализа военно-политической и военно-стратегической обстановки, с учетом целей, выдвигаемых политическим руководством, перспектив войны и реальных возможностей войск. Деятельность Государственного Комитета Обороны, Ставки Верховного Главнокомандования и других высших органов управления в годы войны отличалась масштабностью и многоплановостью. Во главе большинства из них стоял И. В. Сталин, в образе которого в значительной степени слилось государственное военное и политическое руководство. Поэтому и стиль работы высших органов государственного и военного управления во многом определялся стилем работы Верховного Главнокомандующего. Зачастую невозможно было определить, какой орган заседает: в кабинете И. В. Сталина одновременно собирались члены Политбюро, Государственного Комитета Обороны и Ставки ВГК. Однако объединяющим органом в условиях жесточайшей войны, по-видимому, все же была Ставка Верховного Главнокомандования. Именно она стала стержнем всей политики Кремля в военные годы. Здесь кроме планов операций обсуждались военно-политические, экономические и многие другие вопросы. Для этого приглашались государственные и военные деятели самого высокого ранга, а также рядовые солдаты, партизаны и рабочие. И. В. Сталин умел заставить людей действовать. Режим работы Ставки ВГК был практически круглосуточным. Тон задавал сам Верховный Главнокомандующий, работавший по 12—16 часов в сутки, причем, как правило, в вечернее и ночное время. Основное внимание он уделял оперативно-стратегическим вопросам, проблемам вооружения, подготовке людских и материальных ресурсов.

Постоянно в поле зрения Ставки ВГК находилась подготовка высшего военного руководства – командующих, начальников штабов и членов Военных советов фронтов, армий, а иногда корпусов и дивизий. Нередко И. В. Сталин, заметив проявившего себя командующего или командира, встречался с ним, а затем внимательно следил за его служебным ростом. В результате в годы войны выдвинулось новое поколение полководцев, чьи имена знают во всем мире. Приоритет в решении военных вопросов принадлежал, безусловно, Генеральному штабу. Поэтому его начальники во время войны практически ежедневно бывали у И. В. Сталина, став для него основными экспертами, консультантами и советчиками. После тяжелых поражений первых месяцев войны Верховный Главнокомандующий настолько проникся важностью Генштаба, что охотно выслушивал мнения и простых генштабистов. Нередко в Ставке бывали командующие фронтами. Обычно эти посещения были связаны с подготовкой крупных операций или с назначением на новую должность. Иногда вместе с ними приезжали члены Военных советов, реже — начальники штабов. Постоянными посетителями Ставки ВГК были народный комиссар ВМФ Н. Г. Кузнецов и начальник Тыла Красной Армии А. В. Хрулев. Неоднократно Верховный Главнокомандующий встречался с начальниками Главных управлений Народного комиссариата обороны, командующими и начальниками родов войск. По вопросам, касающимся приема на вооружение боевой техники или поставок ее в войска, вместе с ними приходили наркомы авиационной, танковой промышленности, вооружения, боеприпасов и другие. Нередко по этим вопросам приглашались ведущие конструкторы оружия и боевой техники. Приглашались в Ставку ВГК и простые воины – летчики, танкисты, артиллеристы, партизаны. В Кремле можно было встретить военных писателей, директоров оборонных заводов, рабочих, колхозников и даже священников. 5 мая 1945 года Указом Президиума Верховного Совета СССР был упразднен Государственный Комитет Обороны. Ставка Верховного Главнокомандования прекратила свою деятельность в октябре 1945 года. В целом система военного управления к 1945 году в основном соответствовала характеру военных действий, общим требованиям политики и военной стратегии. Она обеспечивала надежное и эффективное управление войсками и силами, успешное выполнение военно-политических и стратегических задач. Таким образом, в годы Великой Отечественной войны в СССР сложилась стройная система государственного и военного руководства в военное время. Она складывалась постепенно, по мере накопления опыта и роста искусства управления в высших звеньях власти. Эта система эффективно осуществляла управление страной и ее военной организацией, что в конечном итоге помогло добиться победы над врагом.

Вместе с тем следует отметить и некоторые отрицательные черты сложившейся системы управления. Главная из них заключалась в том, что в первые же месяцы войны И. В. Сталин сосредоточил в своих руках необъятную власть. Он, оставаясь Генеральным секретарем Центрального Комитета ВКП(б), возглавил Совет Народных Комиссаров СССР, Государственный Комитет Обороны, Ставку Верховного Главного Командования и Народный комиссариат обороны. В то жестокое время такая концентрация власти была во многом оправдана, объективно необходима.